在电瓶车事故中，如果对方被判定为全责，其是否应该全赔，以及保险公司只赔付维修费是否合理，这需要根据具体情况来细致分析。
首先，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益并造成损害的，必须承担相应的侵权责任。在电瓶车全责且无免责事由的前提下，赔偿内容通常应包括人身损害赔偿和财产损失赔偿两部分。
人身损害赔偿：
- 这部分赔偿涵盖了医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等治疗和康复所需的合理支出。
- 如果事故造成了残疾，还需要赔偿辅助器具费和残疾赔偿金。
- 如果导致死亡，则应赔偿丧葬费和死亡赔偿金。
财产损失赔偿：
- 对于对方财产造成的损害，应依据损失发生时的市场价格或其他合理方式计算赔偿额。例如，如果电瓶车撞坏了对方的车辆，那么需要赔偿维修费用或者购置同等价值车辆的费用。
现在，针对您提出的问题“保险公司只赔付维修费合理吗”，这取决于几个因素：
- 保险条款：首先，需要查看对方的保险合同条款，了解保险公司对于此类事故的赔偿范围和限制。有些保险可能只覆盖财产损失，而不包括人身损害赔偿。
- 事故具体情况：如果事故中只造成了财产损失（如车辆维修），而没有造成人身伤害，那么保险公司只赔付维修费可能是合理的。但如果事故中有人身伤害，而保险公司拒绝赔付相关费用，那么这可能就不合理了。
- 是否存在免责事由：如果保险公司能证明存在免责事由（如受害者故意造成事故、受害者对事故发生有重大过失等），那么其可能减少或拒绝赔付。
建议处理步骤：
- 与保险公司沟通：首先，与对方的保险公司沟通，了解他们为何只赔付维修费，并要求他们提供详细的赔偿计算依据和保险条款。
- 收集证据：保留好所有与事故相关的证据，如事故现场照片、医疗记录、维修发票等，以便在需要时证明您的损失。
- 协商或调解：尝试与对方或其保险公司进行协商或调解，看是否能达成一个双方都能接受的赔偿方案。
- 寻求法律帮助：如果协商或调解无果，您可以考虑寻求法律帮助，向人民法院提起民事诉讼以维护自身权益。
综上所述，电瓶车事故中的赔偿责任需根据具体情况灵活判断。如果保险公司只赔付维修费而拒绝赔付其他合理费用，且没有合理的解释或依据，那么这可能是不合理的。在这种情况下，建议您采取上述建议的处理步骤来维护自己的合法权益。