建设工程合同无效但在质量缺陷期内的处理方式，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 合同无效但工程验收合格的处理
   根据《民法典》第793条及《建设工程司法解释（一）》第24条，若建设工程经竣工验收合格，即使合同无效，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。此时质量缺陷期的处理逻辑为：

   • 质量保修责任仍需履行：合同无效不影响承包人对工程质量的保修义务。承包人需在缺陷责任期内对地基基础、主体结构等关键部位的质量问题承担修复责任，修复费用由责任方承担（若因承包人原因导致缺陷，费用由其承担；若因发包人或第三方原因，费用由发包人承担）。
     
   • 保修期与缺陷责任期的区分：保修期是法定最低期限（如《建设工程质量管理条例》规定基础设施工程为设计文件规定的合理使用年限），而缺陷责任期是发包人与承包人约定的期限（通常不超过24个月）。合同无效不影响保修期的法定性，但缺陷责任期需通过补充协议或行业惯例确定。
     
   • 价款支付与质量挂钩：若发包人以质量不合格为由拒付工程款，需举证证明质量问题与承包人施工直接相关，且非因发包人指令或设计变更导致。

2. 合同无效且工程验收不合格的处理
   若工程经修复后仍不合格，处理方式需结合责任归属：

   • 承包人责任：若因承包人施工不符合质量标准导致不合格，承包人需承担修复费用，且无权请求支付工程款。若修复后仍无法使用，发包人可要求减少支付工程款或赔偿损失（如拆除重建费用、预期利益损失等）。
     
   • 发包人责任：若因发包人提供的设计缺陷、材料不合格或未履行协助义务（如未及时提供施工场地）导致不合格，发包人需承担修复费用，并仍需支付承包人已完工部分的合理价款。
     
   • 第三方原因：若因第三方（如监理单位、材料供应商）导致质量问题，发包人与承包人可依据过错比例分担责任，或向第三方追偿。

3. 质量缺陷期内的特殊规则

   • 质量保证金的处理：即使合同无效，若发包人已预留质量保证金，承包人仍需在缺陷责任期内履行保修义务。期满后，发包人应返还保证金（扣除修复费用后）。若合同未约定保证金，发包人不得擅自扣留工程款作为保修费用。
     
   • 鉴定与举证：争议发生时，双方可共同委托或通过法院指定鉴定机构对质量问题成因进行鉴定。鉴定费用由责任方承担。
     
   • 诉讼时效：承包人主张工程款的时效为3年（自知道或应当知道权利受损之日起算），发包人主张质量赔偿的时效为3年（自发现质量问题之日起算），但最长不超过保修期届满后2年。

实务建议：

• 对发包人而言，合同无效时仍需保留工程验收记录、质量检测报告等证据，以明确责任归属；
  
• 对承包人而言，即使合同无效，也应主动履行保修义务，避免因怠于修复被扣减价款或承担额外赔偿责任；
  
• 双方可协商签订补充协议，明确缺陷责任期、保修范围及费用承担方式，降低争议风险。
  

如有具体案件细节（如合同无效原因、质量缺陷类型等），可进一步向我咨询，我会结合案例提供针对性分析。