工厂出租商业用地，五年过渡期满后，需根据原合同约定及现行法律法规处理，具体分以下情况：

1. 若原合同明确约定过渡期满后的处理方式
   需严格按合同执行。例如：

   • 合同约定“过渡期满后自动续租”，则双方继续履行租赁关系，但需注意续租期限是否符合《民法典》对租赁合同最长20年的限制（超过部分无效）；
     
   • 合同约定“过渡期满后承租方需腾退土地”，则出租方有权要求承租方返还土地，若承租方拒不腾退，可通过诉讼主张权利，并要求赔偿占用期间的损失（如土地使用费）。
     

2. 若原合同未约定过渡期满后的处理方式
   需根据《民法典》及土地管理相关法规处理：

   • 租赁关系终止：过渡期本质是临时使用期限，期满后若未续签合同，租赁关系自动终止，承租方应返还土地；
     
   • 优先续租权：若承租方希望继续使用，需与出租方协商签订新合同。若出租方拒绝，承租方无权强制续租，但可主张对土地上附属物（如自建厂房）的补偿（需证明附属物归其所有且未被合同排除）；
     
   • 土地用途合规性：若原租赁用途违反土地规划（如工业用地用于商业经营），过渡期满后可能面临行政处罚（如责令整改、罚款），甚至合同被认定无效，双方需承担相应责任（如返还财产、赔偿损失）。
     

3. 若涉及土地性质变更或规划调整

   • 若过渡期内土地性质已从工业用地变更为商业用地（需经自然资源部门审批），则过渡期满后租赁关系可按新用途继续，但需补办相关手续（如缴纳土地出让金、变更登记）；
     
   • 若土地规划调整导致无法继续使用（如政府征收），则双方需按《民法典》及征收补偿规定处理，承租方有权主张停产停业损失、搬迁费用等补偿。
     

建议行动：

• 立即核查原租赁合同条款，明确过渡期约定及违约责任；
  
• 与出租方协商续租或腾退方案，书面固定协商结果；
  
• 若涉及土地性质变更或规划调整，向当地自然资源部门确认土地现状及未来规划；
  
• 保留土地使用、租金支付、附属物建设等证据，以备纠纷时主张权利。
  

风险提示：
过渡期满后未及时处理可能面临：出租方强制清退、土地闲置罚款、附属物被拆除无补偿等风险，建议尽快行动避免损失扩大。如有具体合同或纠纷细节，可进一步向我咨询。