结论：农村邻居将住宅改成小厂房是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若未经合法审批擅自改变用途，则属于违法行为。
分析如下：
土地用途管制原则：
- 根据我国相关法律法规，农村土地的使用需严格遵循土地用途管制原则。住宅用地与工业用地在规划、审批、使用等方面均存在显著差异。若邻居未经相关部门批准，擅自将住宅用地改为工业用地（即小厂房），则违反了土地用途管制原则，属于违法行为。
宅基地使用规定：
- 宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地。根据《土地管理法》等相关规定，宅基地的使用需符合村庄和集镇规划，且不得擅自改变用途。若邻居将宅基地上的住宅改为小厂房，不仅改变了土地用途，还可能对周边环境、居民生活等造成影响，因此也是不合法的。
审批与许可程序：
- 即便邻居有将住宅改为小厂房的意愿，也需经过严格的审批与许可程序。这包括向相关部门提交申请、提供必要的证明材料、经过规划、环保等部门的审查等。只有经过合法审批并获得相应许可后，方可进行改造。
法律后果：
- 若邻居未经合法审批擅自将住宅改为小厂房，可能面临多种法律后果。包括但不限于：被相关部门责令停止违法行为、限期拆除违法建筑、恢复土地原状；若造成损失的，还需承担赔偿责任；情节严重的，还可能面临行政处罚甚至刑事责任。
建议：
- 若您发现邻居有擅自将住宅改为小厂房的行为，可首先与邻居进行沟通，了解其改造意图及是否已获得合法审批。
- 若沟通无果或发现邻居确实存在违法行为，可向当地土地管理部门、规划部门或城管部门等举报，由相关部门依法进行处理。
- 在处理过程中，您也可咨询专业律师，了解自身权益及可能的法律途径，以便更好地维护自身合法权益。
进一步思考：
- 农村土地的使用与规划是一个复杂而敏感的问题，涉及多方利益。在处理此类问题时，需充分考虑各方利益平衡及社会稳定因素。
- 随着乡村振兴战略的推进，农村土地的使用与规划也将面临新的机遇与挑战。未来，如何在保障农民权益的同时，合理利用农村土地资源，促进农村经济发展，将是一个值得深入探讨的问题。