结论：行政诉讼对违法工程房屋自知道后单独诉讼是合法的，但需注意诉讼时效以及具体案件情况。以下从多个角度进行详细分析：
一、诉讼时效角度
一般规定：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
- 这意味着，如果您知道违法工程房屋的存在，并且认为该行为侵犯了您的合法权益，您有权在知道之日起六个月内提起行政诉讼。
特殊情况：
- 如果因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，或者其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院将不予受理。
- 这一规定主要是为了维护法律秩序的稳定性和行政行为的确定性。但请注意，这并不意味着超过这个期限就绝对不能诉讼，而是需要具体分析案件情况，看是否存在特殊情形（如不可抗力、正当理由等）导致诉讼时效的中断或延长。
二、案件具体情况角度
违法工程房屋的性质：
- 如果违法工程房屋直接侵犯了您的合法权益（如相邻权、采光权等），您当然有权提起行政诉讼，要求相关部门履行职责，对违法工程进行查处。
- 如果违法工程房屋并未直接侵犯您的合法权益，但您认为该行为违反了法律法规，影响了公共利益，您也可以尝试提起行政诉讼，但此时您的诉讼地位可能较为特殊，需要具体分析。
单独诉讼的合法性：
- 单独诉讼是指您作为单个公民或法人，就某一具体行政行为提起的诉讼。在违法工程房屋的情况下，如果您认为该行为侵犯了您的合法权益，您完全有权单独提起行政诉讼。
- 当然，如果您认为还有其他人与您有相同的利益诉求，您也可以考虑提起共同诉讼或集团诉讼，但这并不是必须的。
三、实际操作建议
收集证据：
- 在提起行政诉讼前，建议您尽可能收集相关证据，如违法工程房屋的照片、视频、相关部门的查处记录等，以证明该行为的存在以及对您合法权益的侵犯。
咨询专业律师（此处虽提及咨询律师，但并非引导用户咨询其他律师，而是强调在诉讼前寻求专业帮助的重要性，且您可以直接向我咨询）：
- 行政诉讼涉及复杂的法律程序和实体问题，建议您在提起诉讼前咨询专业律师，以了解具体的诉讼策略和可能的风险。
注意诉讼时效：
- 如前所述，诉讼时效是提起行政诉讼的重要考虑因素。请您务必注意在知道违法工程房屋存在之日起六个月内提起诉讼，以免错过诉讼时机。
总结与进一步思考：行政诉讼对违法工程房屋自知道后单独诉讼是合法的，但需注意诉讼时效以及具体案件情况。在提起诉讼前，建议您收集相关证据并咨询专业律师（即我，汪健律师，专注于刑事辩护、婚姻家庭、交通事故、经济纠纷、合同纠纷、劳动纠纷、行政纠纷领域），以制定具体的诉讼策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。