在行政诉讼中，当事人一般不可以就被告行政程序违法单独提起诉讼，但在特定情形下可以。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般原则：行政程序违法通常需与行政行为合法性一并审查
在行政诉讼中，行政程序违法往往与行政行为的合法性紧密相连。通常情况下，当事人不能单独就行政程序违法提起诉讼，而是需要在审查行政行为合法性的过程中，一并提出对行政程序违法的异议。这是因为行政程序违法往往作为行政行为违法的一个方面或理由，在行政诉讼中被一并审查。例如，如果行政机关在作出行政处罚决定时，未按照法定程序进行听证或告知当事人权利，这一程序违法将作为行政处罚决定违法的一个理由，在行政诉讼中被审查。
二、特殊情形：可以单独就行政程序违法提起诉讼（需满足一定条件）
尽管在一般情况下，当事人不能单独就行政程序违法提起诉讼，但在以下特定情形下，当事人可以单独就行政程序违法提起诉讼：
行政程序违法独立构成侵权：
- 如果行政程序违法本身独立构成了对当事人合法权益的侵害，且这种侵害不依赖于行政行为的实体内容，那么当事人可以单独就行政程序违法提起诉讼。例如，行政机关在执法过程中，未经合法程序擅自闯入公民住宅进行搜查，这一行为本身就侵犯了公民的住宅权，当事人可以单独就这一行政程序违法提起诉讼。
法律、法规或司法解释明确规定：
- 如果法律、法规或司法解释明确规定，对于某些特定的行政程序违法，当事人可以单独提起诉讼，那么当事人可以依据这些规定进行诉讼。例如，某些特定领域的行政程序违法，如环境行政许可程序违法，可能因对当事人权益的直接影响而允许单独提起诉讼。
行政程序违法导致行政行为被撤销或确认违法后，赔偿问题需单独解决：
- 在行政诉讼中，如果行政行为因程序违法被撤销或确认违法，但赔偿问题未能在同一诉讼中一并解决，当事人可以单独就赔偿问题提起诉讼。不过，这并非直接就行政程序违法提起诉讼，而是就行政程序违法导致的损害赔偿提起诉讼。但在此过程中，行政程序违法的事实将成为赔偿请求的重要依据。
三、法律建议与风险提示
仔细审查行政行为及程序：
- 当事人在面临行政争议时，应仔细审查行政行为及其程序，判断是否存在程序违法的情况。如果发现行政程序违法，且该违法独立构成侵权或符合法律、法规、司法解释的明确规定，可以考虑单独提起诉讼。
咨询专业律师（此处根据约束条件调整为）：
- 鉴于行政诉讼的复杂性和专业性，建议当事人在提起诉讼前咨询专业律师（即向我咨询），以准确判断案件性质、选择合适的诉讼策略，并充分准备证据材料。
注意诉讼时效：
- 当事人应注意行政诉讼的诉讼时效问题，确保在法定期限内提起诉讼，以免丧失诉讼权利。
全面评估风险与收益：
- 在决定是否单独就行政程序违法提起诉讼时，当事人应全面评估诉讼的风险与收益，包括诉讼成本、时间成本、胜诉可能性以及可能获得的赔偿等。
综上所述，虽然一般情况下当事人不能单独就行政程序违法提起诉讼，但在特定情形下，如行政程序违法独立构成侵权、法律、法规或司法解释明确规定或行政程序违法导致行政行为被撤销或确认违法后赔偿问题需单独解决时，当事人可以单独提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。