结论：生态损害赔偿中，赔偿义务人修复后这笔费用是否可以扣除，需根据具体情况判断，主要包括是否符合法律规定、是否经过法定程序确认以及是否与实际损害相匹配等角度。

1. 法律规定角度

根据《中华人民共和国民法典》及相关生态环境损害赔偿的司法解释，赔偿义务人因污染环境、破坏生态造成损害的，应当承担生态环境损害赔偿责任。这包括修复生态环境的费用，以及如果无法修复，则需赔偿相应的生态环境功能永久性损害造成的损失等。若赔偿义务人主动进行了生态修复，并产生了相关费用，在符合法律规定且修复行为得到认可的情况下，这部分费用理论上是可以从其应承担的赔偿责任中扣除的。但关键在于，这种扣除必须基于法律的明确规定或司法机关的认可。

2. 法定程序确认角度

赔偿义务人修复生态后，其修复行为及产生的费用需要经过法定程序的确认。这通常包括：

• 修复方案的审批：修复方案需经过相关生态环境主管部门的审批或备案，确保修复措施的科学性和合理性。
• 修复效果的评估：修复完成后，需由专业机构对修复效果进行评估，确认修复是否达到预期目标。
• 费用合理性的审查：修复费用的合理性也需经过审查，确保费用支出与修复行为相匹配，不存在过度支出或虚假支出的情况。

只有经过这些法定程序的确认，赔偿义务人修复生态的费用才有可能被扣除。

3. 实际损害匹配角度

即使赔偿义务人进行了生态修复并产生了费用，但如果这些费用与实际造成的生态损害不匹配，或者修复行为并未完全弥补生态损害，那么赔偿义务人仍需承担剩余的赔偿责任。在这种情况下，修复费用不能完全扣除，而是需要根据实际损害情况进行调整。

举例说明：

假设某企业因排放污染物导致周边河流生态受损，需承担生态环境损害赔偿责任。该企业主动进行了河流生态修复，并产生了100万元的修复费用。但经评估，河流生态损害的实际损失为200万元。那么，该企业仍需承担剩余的100万元赔偿责任，其已支付的100万元修复费用可以在一定程度上抵扣其应承担的赔偿责任，但并非全额扣除，因为修复行为并未完全弥补生态损害。

建议：

对于赔偿义务人而言，在进行生态修复前，应咨询专业律师或生态环境主管部门，确保修复方案的科学性和合理性，并了解相关法律规定和程序要求。修复完成后，也应及时申请专业机构对修复效果进行评估，并保留好相关费用支出凭证，以便在后续的法律程序中维护自己的合法权益。

如有任何关于生态损害赔偿或生态修复费用的法律问题，可以直接向我咨询。