结论：在租赁村集体土地办厂且房产证照只能办在村委会名下的情况下，签订协议需重点关注土地租赁条款、厂房建设与权属、双方权利义务、违约责任及争议解决等方面，以下为你详细阐述协议签订要点。

1. 明确土地租赁相关条款

   • 租赁土地基本情况：在协议中要详细准确地描述租赁土地的位置、面积、四至范围、土地性质（如是否为集体建设用地等），最好附上土地的平面图，并明确该土地的规划用途，确保符合办厂的要求。例如，若土地规划为工业用地，需在协议中明确注明，避免后续因土地用途不符产生纠纷。
   • 租赁期限：根据相关法律法规，集体建设用地的租赁期限一般不得超过二十年，但若符合一定条件且经过法定程序批准，可以适当延长。在协议中要明确具体的租赁起止日期，同时约定租赁期满后的处理方式，如是否续租、续租的条件和程序等。
   • 租金及支付方式：明确租金的计算标准，是按面积计算还是按其他方式；确定租金的支付周期，如按年支付、按季度支付等；规定支付租金的具体时间和方式，如通过银行转账支付到指定账户等。例如，双方可以约定每年年初支付当年租金，通过银行转账的方式支付至村委会指定的银行账户。

2. 厂房建设与权属相关条款

   • 建设主体与费用承担：明确由哪一方负责厂房的建设，若由你方负责建设，要约定建设费用的承担方式，如由你方全额承担或与村委会按一定比例分担。同时，要规定建设过程中的相关手续办理责任，如办理建设工程规划许可证、施工许可证等，一般应由建设方负责办理，但村委会应提供必要的协助。
   • 厂房权属约定：虽然房产证照只能办在村委会名下，但要在协议中明确厂房的实际所有权归你方所有，村委会仅作为名义上的产权人。可以约定在租赁期限内，你方享有厂房的使用权、收益权和处分权（处分权需在符合法律法规和协议约定的前提下），如可以对外转租、抵押等（需经村委会书面同意）。同时，要约定在租赁期满或协议提前终止时，厂房的归属和处理方式，如由你方拆除厂房恢复土地原状，或按照一定的评估价格将厂房转让给村委会等。

3. 双方权利义务相关条款

   • 你方的权利义务：你方有权在租赁土地上按照协议约定的用途使用土地和厂房，进行合法的生产经营活动；有义务按照协议约定支付租金，合理使用土地和厂房，不得擅自改变土地用途和厂房结构；负责厂房的日常维护和管理，承担相关费用；遵守国家法律法规和当地政府的有关规定，合法经营，按时缴纳各种税费。
   • 村委会的权利义务：村委会有权按照协议约定收取租金，监督你方对土地和厂房的使用情况，确保你方合法合规使用；有义务协助你方办理与土地租赁和厂房建设相关的各种手续，提供必要的证明文件和资料；不得干涉你方正常的生产经营活动，不得擅自解除协议或收回土地和厂房。

4. 违约责任相关条款

   • 明确违约情形：详细列举双方可能出现的违约行为，如你方未按时支付租金、擅自改变土地用途或厂房结构、违反国家法律法规进行非法经营等；村委会未按照协议约定提供土地或协助办理相关手续、干涉你方正常生产经营活动、擅自解除协议或收回土地和厂房等。
   • 约定违约责任承担方式：对于不同的违约情形，约定相应的违约责任承担方式，如支付违约金、赔偿损失等。违约金的数额可以根据违约行为的严重程度和可能造成的损失大小进行合理约定，但不得过高或过低。例如，若你方未按时支付租金，每逾期一日，按照未支付租金的千分之一支付违约金；若村委会擅自解除协议，需赔偿你方因解除协议而遭受的全部损失，包括厂房建设费用、设备搬迁费用、预期利润等。

5. 争议解决相关条款

   • 协商解决：约定双方在履行协议过程中如发生争议，应首先通过友好协商的方式解决。协商解决争议的方式成本较低、效率较高，有利于维护双方的合作关系。
   • 诉讼或仲裁解决：如果协商不成，可以约定通过诉讼或仲裁的方式解决争议。若选择诉讼方式，要明确管辖法院，一般可以选择土地所在地或厂房所在地的法院；若选择仲裁方式，要明确仲裁机构，如当地的经济仲裁委员会等。同时，要约定仲裁或诉讼的费用承担方式，一般由败诉方承担。

在签订协议前，建议你仔细审查协议条款，确保协议内容合法合规、明确具体，避免出现模糊不清或容易引起歧义的条款。如有必要，可以邀请专业的法律人士对协议进行审核和修改。如果你还有其他关于租赁村集体土地办厂协议签订的问题，欢迎随时向我咨询。