结论：集体土地证不能过户而仅通过签订协议的方式处理，其合法性需分情况讨论。一般来说，仅签订协议而不办理过户手续，在法律上可能存在风险，不一定能完全保障权益。

分析说明：

1. 集体土地使用权的特殊性：

   • 集体土地使用权通常与特定的集体经济组织成员身份相关联，其流转受到较为严格的限制。根据《土地管理法》等相关法律法规，集体土地使用权的转让、出租等需符合法定条件，并经过相关部门的批准。

2. 协议的法律效力：

   • 双方签订的关于集体土地使用权的协议，如果内容合法、意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议在双方之间是具有法律效力的。然而，协议的法律效力并不等同于物权的变动。即使协议有效，如果未办理过户手续，土地使用权可能仍然归属于原权利人。

3. 过户手续的重要性：

   • 过户手续是物权变动的重要法律程序。对于集体土地使用权而言，办理过户手续意味着土地使用权的正式转移，能够更有效地保障受让人的权益。如果仅签订协议而不办理过户，受让人可能面临土地被原权利人收回、无法对抗第三人等风险。

4. 不同情况下的处理：

   • 如果符合法定转让条件：且相关部门批准转让的，双方应依法办理过户手续，以确保土地使用权的合法转移。
   • 如果不符合法定转让条件：或者相关部门未批准转让的，双方签订的协议可能因违反法律强制性规定而无效或部分无效。此时，即使签订了协议，也无法实现土地使用权的合法转移。

法律建议：

• 谨慎处理：在涉及集体土地使用权的转让时，应谨慎对待，确保符合法定条件并经过相关部门批准。
• 完善手续：如果决定进行转让，应依法办理过户手续，以确保土地使用权的合法转移和受让人的权益保障。
• 咨询专业：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。

风险提示：

• 仅签订协议而不办理过户手续，可能面临土地被原权利人收回、无法对抗第三人等风险。
• 如果协议内容违反法律强制性规定，可能导致协议无效或部分无效，从而无法实现土地使用权的合法转移。