当您与第三方公司签订了劳务合同，但与用工单位发生了劳务纠纷时，您可以按照以下步骤来处理，以确保您的合法权益得到妥善维护：
一、尝试协商解决
首先，我建议您尝试与用工单位和劳务派遣单位（即第三方公司）进行友好协商。通过直接沟通，明确纠纷的具体内容，如工资支付、工作时间、福利待遇等问题，并共同探讨解决方案。协商是成本最低、效率最高的解决方式，同时也有助于维护各方之间的关系，避免矛盾进一步升级。
二、申请调解
如果协商未能达成一致，您可以考虑向相关调解机构申请调解。这些机构包括：
企业劳动争议调解委员会：如果用工单位设有此委员会，您可以向其申请调解。该委员会由企业代表、职工代表和工会代表组成，能够深入了解争议背景，提出合理的调解方案。
基层人民调解组织或乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织：这些组织依法设立，秉持公正态度，依据事实和法律法规协助双方达成和解协议。
在调解过程中，调解组织会居中斡旋，促使双方或三方达成一致意见，从而解决纠纷。
三、申请劳动仲裁
若调解未能成功，或者达成调解协议后对方不履行，您可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，请注意以下几点：
申请时效：一般为一年，从您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。请务必在此时效内提出申请，以免丧失维权机会。
提交证据：准备并提交与纠纷相关的证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、加班通知等。这些证据将有助于证明您的主张，提高仲裁成功率。
仲裁流程：仲裁委员会受理后，将安排仲裁庭进行审理。您需要按时提交证据、参与质证和辩论。仲裁庭将依据查明的事实和法律法规作出裁决。
四、提起诉讼
如果您对仲裁结果不服（除法律规定的一裁终局情形外），您可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院将按照民事诉讼程序对案件进行审理，包括立案、审理、判决等环节。如果您对一审判决不服，还可以在判决送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉，进入二审程序。二审法院的判决为终审判决。
五、注意事项
在整个处理纠纷的过程中，您需要特别注意以下几点：
证据保留：务必妥善保留好各种证据，这些是维护您合法权益的有力武器。
法律了解：深入了解相关的法律法规，如《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》和《中华人民共和国劳动合同法》等。这将有助于您更好地应对纠纷，确保自身权益不受损害。
综上所述，处理与用工单位的劳务纠纷需要遵循协商、调解、仲裁、诉讼的法定程序，并注重证据的收集和保留。在每个环节中，您都应积极维护自己的合法权益，确保纠纷得到公正、合理的解决。希望这些建议能对您有所帮助。