结论：在单位追认但不认可项目部委托行为的情况下，行为人一般不可直接追加项目部负责人为被告，但具体还需根据案件实际情况和法律规定来综合判断。

分析：

1. 项目部委托行为的法律性质：

   • 项目部作为单位的一个内设机构，其对外进行的民事法律行为，原则上应视为单位的行为，除非单位明确表示不认可或该行为超出项目部的职权范围。
   • 若单位追认了项目部的某项行为，但明确表示不认可其中的委托行为，这通常意味着单位对项目部在该特定事项上的代理权进行了限制或否定。

2. 追加被告的法律原则：

   • 在民事诉讼中，追加被告通常需要满足一定的条件，如被告与案件有直接利害关系、原告的诉讼请求与追加的被告有关等。
   • 若行为人试图追加项目部负责人为被告，需证明项目部负责人的行为与案件有直接关联，且该行为未得到单位的合法授权或认可。

3. 单位追认但不认可委托行为的影响：

   • 单位追认通常意味着单位对项目部行为的整体认可，但追认并不等同于对所有细节的认可。若单位明确表示不认可委托行为，这可能构成对项目部代理权的限制。
   • 在此情况下，行为人若要追加项目部负责人为被告，需有充分证据证明项目部负责人的行为超出了单位的授权范围，且该行为与案件有直接关联。

4. 可能的法律后果与建议：

   • 若行为人无法提供充分证据证明项目部负责人的行为与案件有直接关联且超出单位授权，则法院可能不会支持追加项目部负责人为被告的请求。
   • 建议行为人：首先，收集并整理相关证据，包括项目部的委托文件、单位的追认文件以及任何能证明项目部负责人行为与案件关联性的证据；其次，咨询专业律师，对案件进行全面评估，确定是否具备追加被告的法律基础和事实依据；最后，根据律师的建议，决定是否提起追加被告的申请或采取其他法律措施。

特殊情况考虑：

• 若项目部负责人的行为构成表见代理（即行为人无权代理，但相对人有理由相信其有代理权），则单位可能需承担表见代理的法律后果，此时行为人可能无需追加项目部负责人为被告，而可直接向单位主张权利。但这一情况的判断需依据具体案件事实和法律规定。

总结：在单位追认但不认可项目部委托行为的情况下，行为人追加项目部负责人为被告并非易事，需根据案件实际情况和法律规定来综合判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。