违法施工行为的查处涉及多个部门，具体由哪个部门管辖需根据违规行为的性质和具体情况来判断。以下是从不同角度对违法施工查处部门的详细分析：

1. 自然资源部门

   • 职责：主要负责监管和查处违反土地利用总体规划、未经批准擅自占用土地进行建设等行为。
   • 适用情况：如未经批准在农用地上进行建设，或者超出批准范围占用土地进行施工等。
   • 法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，规定了非法占用土地的处罚措施，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑物等。

2. 住房和城乡建设部门

   • 职责：查处未取得施工许可证或未按施工许可证规定擅自施工等违反建筑施工管理规定的行为。
   • 适用情况：如未取得施工许可证就擅自开工建设，或者施工过程中违反施工许可证规定的建设内容、规模等。
   • 法律依据：《中华人民共和国建筑法》第七条，明确了建筑工程开工前需申请领取施工许可证的规定。

3. 城市管理部门（综合执法局）

   • 职责：管理和处罚在城市规划区内未经规划许可进行建设、影响城市市容市貌的非法施工行为。
   • 适用情况：如在城市街道两侧或公共场地未经批准擅自搭建建筑物、构筑物，或者进行其他影响市容市貌的施工活动。
   • 法律依据：《城市市容和环境卫生管理条例》第十四条，规定了未经批准不得在街道两侧和公共场地堆放物料、搭建建筑物等。

4. 生态环境部门

   • 职责：监管施工过程中产生的环境污染问题。
   • 适用情况：如施工过程中未采取有效防尘、降噪措施，或者排放废水、废气等污染物超过规定标准。
   • 法律依据：《中华人民共和国环境保护法》第四十一条，规定了建设项目中防治污染的设施应与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用的原则。

5. 水利部门

   • 职责：管理和处罚在河道、湖泊等水利工程管理范围内未经许可进行建设施工等影响水利安全和行洪安全的行为。
   • 适用情况：如在河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物、构筑物，或者进行其他影响河势稳定、危害河岸堤防安全的施工活动。
   • 法律依据：《中华人民共和国水法》第三十七条，明确了禁止在河道管理范围内进行妨碍行洪的活动。

6. 乡、镇人民政府

   • 职责：在乡、村庄规划区内，对未依法取得乡村建设规划许可证或未按该许可证规定进行建设的行为进行查处。
   • 适用情况：如在乡、村庄规划区内未经批准擅自建设住宅、公共设施等。
   • 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，规定了乡、镇人民政府对乡、村庄规划区内违法建设的查处职责。

7. 县级以上地方人民政府城乡规划主管部门

   • 职责：对县级以上地方未取得建设工程规划许可证或未按该许可证规定进行建设的行为进行查处。
   • 适用情况：如在城市规划区内未经批准擅自建设高层建筑、商业综合体等。
   • 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，明确了县级以上地方人民政府城乡规划主管部门对违法建设的查处职责和处罚措施。

建议与提醒：

• 公众在发现违法施工行为时，应及时向相关部门举报，并提供详细证据，如照片、视频等，以便相关部门能够迅速、准确地采取行动。
• 政府各相关部门也应加强协作，形成合力，共同打击违法施工行为，确保建筑市场秩序和公共安全。
• 如果您对违法施工行为的查处有进一步的疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。