结论：公司从工资中扣除住宿费和车费是否合法，需根据具体情况判断，主要看双方是否有明确约定以及扣除的费用是否合理。以下从不同角度进行分析：

一、有明确约定且费用合理的情况

如果公司与员工在劳动合同或者公司规章制度中明确约定了，公司可以扣除住宿费和车费，并且这些费用的扣除标准是合理的，那么公司从工资中扣除这些费用是合法的。

法律依据：

• 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。” 虽然这一条款直接针对的是因劳动者原因造成经济损失的情况，但引申开来，如果双方有明确约定且费用合理，公司扣除相关费用可视为双方对工资支付方式的特别约定。
• 此外，如果公司提供的住宿和交通服务是员工福利的一部分，且双方约定了员工需要承担部分费用，那么这种扣除也是合法的。

建议：

• 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和扣除的部分，确保自己了解并同意相关约定。
• 如果公司规章制度中有相关扣除费用的规定，员工也应了解并遵守。

二、无明确约定或费用不合理的情况

如果公司与员工之间没有明确的约定，或者扣除的费用明显不合理，那么公司从工资中扣除住宿费和车费就是不合法的。

法律依据：

• 根据《劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 公司无权随意扣除员工的工资。
• 如果公司扣除的费用超出了合理范围，或者没有明确的约定作为依据，那么这种扣除就违反了劳动法的规定。

建议：

• 员工可以与公司进行协商，要求公司停止不合理的扣除，并补发被扣除的工资。
• 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

三、特殊情况下的扣除

在某些特殊情况下，如员工因个人原因（如损坏公司财物、违反公司规定等）需要承担赔偿责任，且双方有明确约定可以从工资中扣除赔偿费用时，公司可以按照约定进行扣除。但同样需要注意，扣除的费用必须合理，且不得违反劳动法的相关规定。

总结与提醒：

公司从工资中扣除住宿费和车费是否合法，关键在于双方是否有明确约定以及扣除的费用是否合理。作为员工，在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务；如果公司存在不合理的扣除行为，应及时与公司协商或寻求法律帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的建议，可以直接向我咨询。