在交通事故中，当责任被认定为主次责任时，保险公司的赔付过程是一个综合考量多个环节和因素的过程。以下是对此问题的详细解答：
一、赔付的基本原则
首先，需要明确的是，交通事故主次责任的赔付首先由交强险在责任限额内进行赔偿。交强险是强制保险，其赔偿不分责任主次，只要被保险车辆有责任，保险公司就应在限额内对受害方进行赔偿。超出交强险赔偿限额的部分，再根据事故责任比例，由商业第三者责任保险进行赔偿。若仍有不足，则由责任人（侵权人）依据相关法律法规进行赔偿。
二、交强险的赔偿限额
交强险的赔偿限额具体如下：
三、超出交强险部分的赔偿
1. 机动车之间发生交通事故
当机动车之间发生交通事故，且双方都有过错时，按照各自过错的比例分担责任。一般而言，主要责任方承担70%的赔偿责任，次要责任方承担30%。但这一比例并非绝对，可能根据具体情况有所调整，如60%与40%的分配。
实例说明：若甲、乙两车发生事故，甲主责，乙次责，且两车均投保交强险。假设甲车损失5万元，乙车损失3万元。首先，通过交强险互赔2000元财产损失。然后，剩余部分按责任比例分担，即甲车承担（5万-2000元）*70%的损失，乙车承担（3万-2000元）*30%的损失（同时乙车还需承担甲车剩余损失的30%，甲车承担乙车剩余损失的70%，此处为简化说明，未完全展开计算）。
2. 机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故
当机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故时，若非机动车或行人无过错，则由机动车一方承担赔偿责任。若非机动车或行人有过错，则适当减轻机动车一方的赔偿责任。通常，机动车主责时承担80%的赔偿责任，次责时承担40%的赔偿责任，这体现了对弱势群体的保护。
实例说明：若机动车与行人发生事故，机动车主责，行人次责，行人损失10万元。首先，由机动车交强险赔偿1.8万元医疗费用（在限额内）和可能的死亡伤残费用（如构成伤残）。然后，剩余部分机动车按80%的比例承担赔偿责任。
四、商业险的赔偿
对于超出交强险赔偿限额的部分，如果事故车辆同时投保了商业第三者责任保险，那么这部分损失将由商业险根据保险合同进行赔偿。商业险的赔偿比例通常与事故责任比例相一致，但具体条款可能因保险公司和保险产品而异。
五、责任人赔偿与协商、法律途径
经过交强险和商业险赔偿后，如果仍有不足的部分，将由责任人（侵权人）依据道路交通安全法和民法典的相关规定予以赔偿。在实际操作中，双方可以尝试自行协商赔偿事宜，达成一致后签订赔偿协议。如果协商不成，受害方可以通过诉讼途径解决赔偿纠纷。
六、特殊情况处理
在特殊情况下，如五保户作为受害者或事故涉及醉驾、无证驾驶等严重违法行为时，赔偿事宜可能需要依法特殊处理。例如，五保户同样享有依法获得赔偿的权利，不因其身份而减免；而醉驾或无证驾驶等违法行为可能导致肇事者面临刑事处罚和更复杂的民事赔偿责任。
综上所述，交通事故责任认定主次后的赔付过程是一个复杂而细致的过程。建议在处理此类问题时咨询专业律师或法律机构，以确保权益得到妥善维护。同时，双方应保持冷静理性，依法依规进行协商和处理，确保受害方得到公正合理的赔偿。