结论：在公司上班，正常情况下公司是应当发放工资的。但存在一些特殊情况，工资可能不由公司直接发放，这可能涉及合法或不合法的情形，员工需要仔细甄别并维护自己的合法权益。
合法情形
劳务派遣：
- 若员工是通过劳务派遣方式进入公司工作，其工资由派遣单位发放是合法的。这种情况下，员工应与派遣单位签订劳动合同，并明确工资发放的相关条款。
- 例子：小张通过劳务派遣公司进入某企业工作，他的工资由劳务派遣公司发放，这是合法的劳务派遣关系。
第三方代发：
- 公司委托合法的第三方机构（如银行或人力资源服务机构）代发工资也是常见的合法操作。公司应与代发机构签订明确的委托协议，并确保工资按时、准确发放到员工账户。同时，这种代发方式应在劳动合同或相关协议中有所体现。
- 例子：某公司委托银行代发员工工资，银行根据公司的指令将工资打入员工账户，这是合法的第三方代发行为。
特殊薪酬体系：
- 某些公司可能采用特殊的薪酬体系，导致工资通过其他方式或账户发放。例如，将工资与奖金、福利等分开支付。只要这种方式在劳动合同中有明确规定，且符合相关法律法规，也是合法的。
- 例子：某公司为了激励员工，将基本工资和绩效奖金分开发放，基本工资由公司账户发放，绩效奖金由另一个账户发放，但都在劳动合同中有明确规定，这是合法的。
可能存在的风险或不合法的情形
关联公司发放但无清晰记录：
- 如果公司通过其关联公司发放工资，而没有清晰的财务记录和明确说明，可能会在劳动纠纷时使员工权益保障出现困难。员工应确保劳动合同中明确劳动关系主体，以避免后续争议。
- 风险：员工可能难以证明与公司的劳动关系，导致在维权时处于不利地位。
个人发放：
- 工资由公司老板或其他个人的私人账户发放存在较大风险。这不仅难以确认款项性质为工资，还可能影响员工维权。此外，公司可能通过这种方式逃避税收、社会保险缴纳等法定义务。
- 风险：员工可能面临无法证明工资收入、无法享受社会保险待遇等风险。
逃避责任或税收：
- 未经法定程序或约定擅自改变工资发放主体，可能是为了逃避责任、规避税收或其他不当目的。这种行为违反了劳动法律法规，员工有权要求公司按照正常途径发放工资，并在必要时向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。
- 风险：员工可能面临工资被拖欠、无法享受法定福利等风险，同时公司也可能面临法律处罚。
员工的应对措施
了解原因：
- 当发现工资不由公司直接发放时，员工应首先与公司沟通，了解清楚具体原因和发放方式。
查看合同：
- 仔细查阅劳动合同或相关协议，确保工资发放的具体条款与实际情况相符。如果合同中有明确规定，公司应按照合同执行。
留存证据：
- 对于工资发放的相关沟通记录、银行流水等证据，员工应妥善保存。这些证据在后续可能发生的劳动纠纷中将起到重要作用。
维护权益：
- 如果认为工资发放方式存在问题或自己的权益受到损害，员工有权要求公司纠正并按照正常途径发放工资。如果因此造成了损失，还可以依法主张赔偿。
作为员工，在面对公司上班但工资不是公司发放的情况时，应保持警惕并了解自己的权益。通过与公司沟通、查看合同、留存证据等措施，确保自己的合法权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。