职工被羁押期间，单位通常可以停发工资，但具体处理需视最终法律结果及劳动合同约定而定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与基本规定
根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第二十八条的规定，劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，在劳动者被限制人身自由期间，用人单位可与其暂时停止劳动合同的履行。这意味着，在被羁押期间，劳动合同实际上处于中止状态，单位无需支付工资。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条也明确规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同，这进一步支持了单位在职工被羁押期间停发工资的合理性。
二、具体情形分析
被限制人身自由期间：
- 在此期间，由于职工无法继续为用人单位提供正常劳动，劳动关系实际上处于中止状态。因此，单位有权停发工资，且不承担劳动合同规定的相应义务。
- 若职工最终被证明无罪或被撤销案件、不起诉、判决宣告无罪，单位应恢复其工作，并补发被限制人身自由期间的工资。
被判刑情况：
- 若职工被依法追究刑事责任，单位可以与其解除劳动合同，此时更不存在发放工资的问题。
- 但若劳动合同中有特别约定（如“被判刑则合同自动终止”等），则需按合同约定执行。不过，在大多数情况下，劳动合同中并不会对此类特殊情况作出详细约定。
特殊情况处理：
- 对于因履行工作职责而遭受伤害被认定为工伤的职工，即使他们犯罪或违反治安管理导致伤亡，也仍应享受工伤保险待遇。这是基于《企业职工工伤保险试行办法》的相关规定，但这种情况并不常见，且需要具体案件具体分析。
三、法律建议与操作流程
确认羁押情况：单位应首先了解职工被羁押的具体原因和期限，以便判断是否需要停发工资以及后续如何处理。
暂停工资支付：在被羁押期间，单位可暂停支付工资，但应保留好相关证据和记录，以备后续需要。
后续处理：
- 若职工未被追究刑事责任且劳动关系存续，单位应恢复其工作并补发工资。
- 若职工被追究刑事责任，单位可依法解除劳动合同，并无需支付经济补偿金（除非劳动合同中有特别约定）。
四、注意事项
- 单位在处理此类问题时，应务必遵循法律法规，确保合法合规。避免因处理不当而引发不必要的法律纠纷。
- 对于职工而言，也应了解自身权益。在被错误限制人身自由或后续法律结果发生变化时，应依法维护自己的合法权益，包括要求恢复工作或补发工资等。
综上所述，职工被羁押期间单位通常可以停发工资，但具体处理需根据职工的最终法律结果及劳动合同中的相关约定来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。