学校确实会查三方协议的真伪。教育部对高校毕业生就业数据的真实性非常重视，并已经采取了一系列措施来确保就业数据的准确无误。

首先，教育部专门下发了关于高校毕业生就业数据核查工作的通知，并召开了各省教育部门的核查部署会议，明确要求各地各高校要严格执行就业工作规定，严守就业数据真实准确的底线。教育部还派出了多个工作组，赴各省开展专项核查，通过检查就业数据自查清单、核对自查报告、抽查相关就业佐证材料等方式，对高校规范开展毕业去向登记监测、严防就业数据弄虚作假等情况进行了针对性核查。

其次，教育部要求各高校在就业签约和统计工作中，要认真审核就业协议书、劳动合同等材料，并采取访谈毕业生、回访用人单位等方式进行严格核查，以确保就业签约和就业统计数据的客观、准确。各省级高校毕业生就业工作部门也会对高校就业签约和统计工作进行复查，一旦发现违规行为，将会给予通报批评并追究相关单位领导责任。

此外，教育部还明确提出了就业工作“四不准”“三不得”的规定，其中包括不准以任何方式强迫毕业生签订就业协议和劳动合同，不准将毕业证书、学位证书发放与毕业生签约挂钩，不准以户档托管为由劝说毕业生签订虚假就业协议等，这些规定都是为了保障毕业生的合法权益，防止就业数据造假。

因此，学校在审核三方协议时，会采取多种方式进行严格核查，以确保协议的真实性和有效性。如果发现虚假签约或虚假证明等违规行为，学校将会依规依纪严肃处理，并追究相关人员的责任。所以，作为毕业生，应该如实填写和提交就业协议，不要试图通过虚假签约来提高自己的就业率或获得其他不当利益。