关于综合工时制下加班费是否可以季度计算的问题，这确实是一个涉及法律法规、劳动合同约定以及公司规章制度的多方面议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、综合工时制下加班费季度计算的合法性基础
综合工时制下，加班费的支付周期并非固定不变，而是可以根据劳动合同中的约定以及公司规章制度来确定。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班费可以按季度计算，并且这一规定不违反法律的强制性规定，同时确保了劳动者的合法权益不受损害，那么季度计算加班费是合法的。
二、相关法律法规的解读
《中华人民共和国劳动法》：该法规定加班费是劳动者因加班而获得的额外报酬，属于工资的组成部分，原则上应按月支付。但这并不意味着加班费不能按其他周期支付，只要不违反法律的强制性规定且得到双方认可即可。
《工资支付暂行规定》：该规定强调工资至少每月支付一次，但并未明确禁止综合计算工时工作制下加班费按季度支付。它更侧重于工资支付的周期性和及时性，而非具体支付周期的选择。
三、实际操作中的考量因素
劳动合同与公司规章制度的约定：这是决定加班费支付周期的关键因素。如果劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且该约定合法有效，那么应按照约定执行。
劳动者权益的保障：即使约定了按季度支付加班费，用人单位也必须确保这一约定不会损害劳动者的合法权益。例如，避免因发放周期过长而导致劳动者承受经济压力。
加班时间和费用的准确核算：无论加班费是按月还是按季度支付，用人单位都必须准确核算劳动者的加班时间和加班费用，确保足额支付。
四、建议与总结
对于用人单位：在制定公司规章制度或签订劳动合同时，应明确加班费的支付周期和计算方式，并确保这些规定合法有效且不损害劳动者的权益。同时，应建立完善的加班管理和核算机制，确保加班费的准确支付。
对于劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解加班费的支付周期和计算方式。如果发现用人单位存在违法行为或损害自身权益的情况，应及时通过劳动监察投诉、劳动仲裁等法律途径维护自身合法权益。
综上所述，综合工时制下加班费是否可以季度计算，主要取决于劳动合同中的约定、公司规章制度的规定以及法律法规的要求。在任何情况下，用人单位都应确保加班费的发放符合法律法规，并充分保障劳动者的合法权益。