结论：在协议中约定对方的专利经双方共同验证后变为共有，这一约定本身并不违反法律规定，但具体实施和效果会受到多种因素的影响。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律原则与规定
意思自治原则：
- 在民事法律关系中，当事人有权根据自己的意愿自由设定权利和义务，这是民法中的意思自治原则。因此，双方可以在协议中约定专利的共有方式，只要这种约定不违反法律的强制性规定和公序良俗。
专利权共有：
- 根据《中华人民共和国专利法》的相关规定，专利权可以属于两个以上的单位或者个人共有。共有人可以按照约定对专利权的行使进行分配，如共同实施、许可他人实施或转让专利权等。因此，从法律层面讲，专利权共有是合法的。
二、协议约定的具体实施
共同验证的界定：
- 协议中提到的“共同验证”需要明确界定其含义和范围。共同验证可能涉及对专利技术的评估、测试、确认等环节，以确保专利的有效性和实用性。双方应明确共同验证的具体步骤、标准、时间等，以避免后续争议。
共有条件的成就：
- 协议应明确约定共有条件成就的具体标准。例如，共同验证达到何种程度或结果时，专利权即变为共有。这有助于双方明确各自的权利和义务，以及共有权产生的具体时间点。
共有权的行使：
- 双方应就共有权的行使方式进行明确约定。包括但不限于共同实施专利、许可他人实施专利、转让专利权等。同时，应约定共有权行使过程中的决策机制、利益分配方式等，以确保共有权的顺利行使和双方利益的平衡。
三、潜在风险与防范
验证结果的争议：
- 如果双方对共同验证的结果存在争议，可能导致共有权无法顺利产生或行使。因此，建议在协议中约定争议解决机制，如协商、调解、仲裁或诉讼等，以应对可能出现的争议。
共有权的管理与维护：
- 共有权产生后，双方需要共同管理和维护专利权。这包括支付专利年费、应对侵权诉讼等。双方应明确各自的责任和义务，以确保专利权的有效性和稳定性。
协议变更与解除：
- 在协议履行过程中，可能出现需要变更或解除协议的情况。双方应约定协议变更与解除的条件和程序，以应对可能出现的变故。
四、实际操作建议
明确约定：
- 在协议中详细、明确地约定共同验证的方式、标准、时间以及共有权产生的条件、行使方式等，以避免后续争议。
法律审查：
- 在签订协议前，建议双方聘请专业律师对协议进行法律审查，以确保协议的合法性和有效性。
后续跟进：
- 在协议履行过程中，双方应保持密切沟通，及时跟进共同验证的进展和共有权的行使情况，确保协议的顺利履行。
总结：在协议中约定对方的专利经双方共同验证后变为共有，这一约定本身并不违反法律规定。但双方需要明确共同验证的具体方式、标准以及共有权产生的条件、行使方式等，并约定争议解决机制、共有权的管理与维护以及协议变更与解除的条件和程序等，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。