行政机关扣押的不合格电动自行车，应当依据法定程序，通过符合环保要求的方式予以销毁。具体操作流程和要点如下：

1. 确定销毁依据与程序
   行政机关扣押不合格电动自行车，通常基于《产品质量法》《道路交通安全法》或地方性法规（如《XX省电动自行车管理条例》）的授权。销毁前需完成以下程序：

   • 调查取证：确认车辆存在质量问题（如电池不合格、车速超标、缺乏3C认证等），并留存检测报告、现场照片等证据。
     
   • 行政处罚决定：对涉事企业或个人作出罚款、没收等处罚，并明确告知其有权申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 履行告知义务：若需销毁车辆，应书面通知当事人，告知销毁理由、时间、地点及救济途径。
     

2. 选择合规销毁方式
   销毁需符合环保要求，避免二次污染，常见方式包括：

   • 物理拆解：委托有资质的回收企业拆解车辆，分离金属、塑料、电池等部件，确保可回收物循环利用，危险废物（如铅酸电池）交由专业机构处理。
     
   • 环保焚烧：若车辆无法拆解利用，需在具备污染控制设施的焚烧厂处理，并符合《大气污染物综合排放标准》。
     
   • 禁止随意丢弃或填埋：避免土壤或水源污染，否则行政机关可能因未履行监管职责被追责。
     

3. 全程留痕与监督

   • 记录销毁过程：通过拍照、录像或第三方公证等方式，证明车辆已被彻底销毁，防止后续纠纷（如当事人主张车辆被私自处理）。
     
   • 公开销毁信息：必要时可通过政府网站或媒体公告销毁结果，增强执法透明度。
     

4. 特殊情形处理

   • 当事人申请返还：若车辆虽不合格但可通过整改达标（如限速改装），且当事人提出申请，行政机关可依法解除扣押，而非直接销毁。
     
   • 涉案财物拍卖：若车辆价值较高且未严重损坏，可依法拍卖后上缴国库，但需确保拍卖后车辆不会再次流入市场。
     

提示：若您是行政机关工作人员，需严格遵循《行政强制法》《固体废物污染环境防治法》等规定；若您是当事人，认为销毁程序违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。