关于响应文件和质疑函同时上传是否合规的问题，这主要取决于具体的采购流程和规定，但我可以根据一般的政府采购原则和相关法规来为您详细解答。

首先，我们需要明确响应文件和质疑函的性质和目的：

1. 响应文件：这是供应商在参与政府采购活动时，根据采购文件的要求编制并提交的文件，用于展示其满足采购需求的能力、方案、报价等。响应文件是供应商参与采购活动的基础，也是采购人、采购代理机构评估供应商资格和选择中标（成交）供应商的重要依据。

2. 质疑函：当供应商认为采购文件、采购过程或中标（成交）结果使自己的权益受到损害时，可以在法定期限内以书面形式向采购人、采购代理机构提出质疑。质疑函是供应商维护自身权益的一种法律手段。

接下来，我们分析同时上传响应文件和质疑函的合规性：

• 从流程角度看：响应文件和质疑函在政府采购活动中扮演着不同的角色，它们分别对应着不同的流程阶段。响应文件是在采购活动开始阶段提交的，而质疑函则是在供应商认为自身权益受损后提出的。因此，从流程逻辑上讲，它们通常不会在同一时间点被提交。

• 从法规角度看：根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）等相关法规，供应商有权在法定期限内提出质疑，但并未明确规定质疑函的提交时间必须与响应文件的提交时间相分离。然而，在实际操作中，由于质疑通常是在采购活动进行过程中或结束后提出的，因此质疑函的提交往往会晚于响应文件的提交。

• 从合规性角度看：如果供应商在提交响应文件的同时，也提交了质疑函，并且质疑函的内容与响应文件无直接关联（即质疑函不是对响应文件本身的质疑），那么这种行为在法规上并未被明确禁止。但需要注意的是，这种做法可能会给采购人、采购代理机构带来额外的处理负担，也可能影响采购活动的正常进行。更重要的是，如果质疑函的内容与响应文件相关联（例如，对响应文件中的某项内容提出质疑），那么这种同时提交的做法可能会引发混淆和争议，因为此时质疑函实际上是在对已经提交的响应文件进行事后评价。

综合建议：

• 供应商应严格按照采购文件的要求和采购活动的流程来提交响应文件和质疑函。
• 响应文件应在采购文件规定的截止时间前提交，以展示其满足采购需求的能力和方案。
• 如果供应商认为自身权益在采购活动中受到了损害，应在法定期限内以书面形式向采购人、采购代理机构提出质疑，并确保质疑函的内容清晰、明确、有针对性。
• 避免在提交响应文件的同时提交质疑函，除非质疑函的内容与响应文件无直接关联且不会影响采购活动的正常进行。

总之，虽然法规上并未明确禁止同时上传响应文件和质疑函，但出于流程清晰性和合规性的考虑，建议供应商分别提交这两种文件。