关于开标后回复质疑函是否合法的问题，结论需视具体情况而定，但一般而言，在法定时限内且符合法定程序的回复是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

1. 回复质疑函的合法性基础

在招投标活动中，质疑函是投标人或其他利害关系人对招标文件、开标过程、评标结果等存在异议时，向招标人提出的书面质疑。招标人收到质疑函后，有义务在法定时限内（通常为收到质疑函之日起3日内）进行答复。这一程序旨在保障招投标活动的公平、公正和透明，因此，在法定时限内且按照法定程序回复质疑函，是合法的。

2. 回复质疑函的时限要求

• 法定时限：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标人应在收到质疑函之日起3日内作出答复。若逾期未答复，可能面临行政监督部门的责令改正等处罚。
• 实际操作：在实际操作中，招标人应尽快组织相关人员对质疑内容进行核查，并在法定时限内给出书面答复。答复内容应明确、具体，针对质疑点进行逐一回应。

3. 回复质疑函的内容要求

• 针对性：答复应直接针对质疑函中的具体问题进行回应，避免泛泛而谈或回避问题。
• 合法性：答复内容应符合法律法规的规定，不得违反招投标活动的公平、公正原则。
• 证据支持：若答复中涉及对事实的认定或对法律条款的解释，应提供相应的证据或法律依据。

4. 不合法的回复情形

• 逾期回复：若招标人未在法定时限内回复质疑函，则构成违法。
• 内容违法：若答复内容违反法律法规的规定，或损害了其他投标人的合法权益，则同样构成违法。
• 程序违法：若招标人在回复质疑函的过程中，未按照法定程序进行（如未组织相关人员核查、未给出书面答复等），也可能构成违法。

5. 法律建议

• 及时回复：招标人应高度重视质疑函的回复工作，确保在法定时限内给出答复。
• 合法合规：答复内容应严格遵守法律法规的规定，确保合法合规。
• 证据留存：在回复质疑函的过程中，应妥善留存相关证据，以备后续可能出现的争议或诉讼。

若您在招投标活动中遇到质疑函回复的相关问题，或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。