代工企业若发现员工侵犯其掌握的商业秘密，可通过以下途径维权，我将从民事维权、行政投诉、刑事控告三个维度展开说明：

1. 民事维权：主张侵权赔偿与行为禁止

• 法律依据：根据《反不正当竞争法》第九条、第十七条，商业秘密权利人可要求侵权人停止侵害、赔偿损失（包括实际损失或侵权获利，难以计算时可主张法定赔偿）。
• 关键步骤：
  1. 固定证据：收集员工接触商业秘密的证据（如劳动合同、保密协议、权限记录）、商业秘密内容（如技术图纸、客户名单）、侵权行为证据（如员工私自复制文件、向第三方披露的记录）。
  2. 提起诉讼：向法院起诉员工及可能获利的第三方（如新雇主），申请诉前禁令（紧急情况下可要求法院立即制止侵权行为）。
  3. 主张赔偿：若员工因侵权获利，可要求其返还；若企业因侵权受损，可要求赔偿（包括调查费用、律师费等合理支出）。

2. 行政投诉：借助市场监管部门快速查处

• 适用场景：若侵权行为涉及不正当竞争（如员工跳槽后泄露技术秘密给竞争对手），可向当地市场监督管理局投诉。
• 处理结果：市场监管部门可责令停止违法行为、没收违法所得、罚款（最高可达五百万元），并将处罚信息纳入信用记录。
• 优势：行政查处周期较短，可快速制止侵权行为，且处罚结果可作为民事诉讼的证据。

3. 刑事控告：追究员工刑事责任

• 立案标准：根据《刑法》第二百一十九条，若员工侵犯商业秘密行为满足以下条件之一，可向公安机关报案：
  • 给企业造成损失达50万元以上；
  • 违法所得达30万元以上；
  • 致使企业破产或遭受其他重大损失。
• 处理结果：若构成犯罪，员工可能被判处三年以下有期徒刑（情节特别严重可升至十年），并处或单处罚金。
• 注意事项：刑事立案需企业提供初步证据（如侵权行为与损失的关联性证明），公安机关调查后决定是否立案。

▶ 补充建议：预防优于维权

• 完善保密制度：与员工签订保密协议、明确商业秘密范围、限制访问权限、定期审计。
• 加强离职管理：员工离职时要求签署保密承诺、收回权限、提醒法律责任。
• 留存证据：对商业秘密采取加密、分级管理等措施，确保能证明其“秘密性”及企业的保密措施。

若企业已发现员工侵权，建议优先通过律师函警告（低成本制止行为）或诉前禁令（紧急情况下快速止损），再根据损失情况选择民事诉讼或刑事控告。具体操作可进一步向我说明细节，我会协助制定维权方案。