员工侵犯公司商业秘密的追责方式主要包括民事追责、行政追责以及刑事追责三种途径，具体如下：
一、民事追责
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，员工侵犯公司商业秘密，给公司造成损失的，公司有权要求员工承担赔偿责任。
追责方式：
- 赔偿损失：公司可以要求员工赔偿因侵犯商业秘密而造成的直接经济损失，包括但不限于研发成本、市场机会损失、客户流失等。
- 停止侵害：公司可以要求员工立即停止侵犯商业秘密的行为，如停止使用、披露或允许他人使用商业秘密。
- 消除影响：若员工的行为对公司声誉造成了负面影响，公司可以要求员工采取措施消除影响，如公开道歉、澄清事实等。
举证责任：
- 在民事诉讼中，公司需要承担举证责任，证明员工确实侵犯了其商业秘密，并造成了实际损失。因此，公司应妥善保存相关证据，如商业秘密的载体、员工侵犯商业秘密的证据、损失的计算依据等。
二、行政追责
法律依据：
- 根据《中华人民共和国反不正当竞争法》的相关规定，经营者不得实施侵犯商业秘密的行为。员工作为公司的一部分，若违反该规定，同样可能面临行政处罚。
追责方式：
- 行政处罚：市场监督管理部门可以对侵犯商业秘密的员工进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 责令改正：市场监督管理部门可以责令员工立即停止侵犯商业秘密的行为，并采取措施消除影响。
适用情形：
- 行政追责通常适用于员工侵犯商业秘密的行为较为轻微，尚未构成犯罪的情况。若行为严重到构成犯罪，则应依法追究刑事责任。
三、刑事追责
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，侵犯商业秘密罪是指以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密，或者非法披露、使用或者允许他人使用其所掌握的或获取的商业秘密，给商业秘密的权利人造成重大损失的行为。
追责方式：
- 刑事处罚：若员工的行为构成侵犯商业秘密罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
- 没收违法所得：法院可以没收员工因侵犯商业秘密而获得的违法所得。
立案标准：
- 根据相关司法解释，侵犯商业秘密罪的立案标准包括给商业秘密权利人造成损失数额在五十万元以上、因侵犯商业秘密违法所得数额在三十万元以上等情形。若员工的行为达到这些标准，即应依法追究刑事责任。
总结与建议：
员工侵犯公司商业秘密是一种严重的违法行为，不仅会给公司造成经济损失，还会损害公司的声誉和竞争力。因此，公司应加强对商业秘密的保护，建立健全的保密制度，并加强对员工的保密教育。一旦发现员工侵犯商业秘密的行为，公司应及时采取措施进行追责，包括民事追责、行政追责和刑事追责等。在追责过程中，公司应妥善保存相关证据，并咨询专业律师的意见，以确保追责的合法性和有效性。若您有任何关于公司法务或知识产权方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。