结论：上班迟到扣全勤是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法合理以及是否经过民主程序制定并公示。
详细分析：
公司规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度中明确规定了迟到扣全勤的条款，并且该规章制度是经过民主程序制定并公示的，那么该条款在法律上通常是有效的。这意味着，如果员工迟到，公司根据规章制度扣除全勤是合法的。
规章制度合理性：
- 即便公司规章制度经过了民主程序制定并公示，其内容也必须合理。如果规章制度中的迟到扣全勤条款过于苛刻，例如迟到一次就扣除全部全勤奖，或者扣除的金额远超过员工因迟到给公司造成的实际损失，那么这样的条款可能被视为不合理，从而在法律上受到挑战。
- 合理性判断通常需要考虑多种因素，如迟到的频率、时长、对公司运营的影响等。如果公司能够证明员工迟到确实给公司造成了较大损失，那么扣除一定金额的全勤奖作为补偿可能是合理的。
实际操作中的注意事项：
- 公司在执行迟到扣全勤的规章制度时，应当确保公平、公正、公开。对于所有员工应当一视同仁，不得因个人偏见或歧视而区别对待。
- 公司应当保留好相关证据，如迟到记录、规章制度公示记录等，以便在发生劳动纠纷时能够证明自己的行为是合法的。
- 如果员工对迟到扣全勤有异议，公司应当积极与员工沟通，解释规章制度的内容和执行依据，寻求双方都能接受的解决方案。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司规章制度中的迟到扣全勤条款不合法或不合理，可以向公司提出异议，并要求公司进行解释或修改。如果公司拒绝修改或解释不合理，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，应当确保规章制度的合法性和合理性，并在执行过程中保持公平、公正、公开。同时，公司也可以考虑设置更灵活的考勤制度，如允许一定次数的迟到而不扣除全勤奖，以更好地平衡员工利益和公司运营需求。
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