结论：是否可以申请排污费，需结合合同具体条款、报价文件内容及双方协商情况综合判断，不能一概而论。 以下是具体分析：

1. 合同条款的约束性
   若合同中明确约定“报价为固定总价（包干价）”，且未单独列明排污费或类似费用，则后续申请排污费可能面临障碍。根据《民法典》第470条，合同内容由当事人约定，若双方已通过书面形式固定总价范围，原则上需按约定履行，除非存在重大误解、显失公平等法定可变更情形。
   例外情形：若合同中约定“总价包含但不限于……”，且未明确排除排污费，或约定“根据实际发生费用调整”，则可能为申请排污费留下空间。

2. 报价文件的补充作用
   若报价时虽未明确“预算包干”，但通过其他文件（如技术规范、工程量清单）暗示排污费已包含在总价中（例如列明“环保措施费用”），则可能被认定为已涵盖。反之，若报价文件未提及排污相关费用，且合同未明确总价范围，则可主张排污费为新增费用，依据《民法典》第510条（合同补充约定）或第511条（价格约定不明时的处理）主张权利。

3. 双方协商与行业惯例
   即使合同条款对排污费无明确约定，双方仍可通过协商补充协议解决。若行业惯例中排污费通常由发包方承担（如环保工程领域），可结合交易习惯主张权利。但需注意，行业惯例需经双方认可或法院采信，否则难以直接作为依据。

建议行动步骤：

1. 立即审查合同全文及报价文件，重点查找“总价范围”“费用包含项”“调整机制”等条款；
   
2. 收集排污费的实际发生依据（如环保部门缴费通知、第三方检测报告）；
   
3. 优先与对方协商，明确费用承担主体；若协商无果，可依据合同条款及证据向法院或仲裁机构主张权利。
   

如有进一步细节（如合同类型、报价文件内容），可向我补充说明，我将结合具体场景提供更精准的分析。