结论：借款转为合伙入股但最终没有履行合作性质时，是否认定为借款需根据具体情况判断，主要看双方是否有明确的书面协议、实际履行情况以及是否存在欺诈、胁迫等情形。以下从不同角度进行分析：
一、有明确书面协议且未履行合作性质的情况
若书面协议明确约定借款转为合伙入股的条件及未履行时的处理方式：
- 例如，协议中约定“若乙方（入股方）未能在约定时间内完成入股手续或未实际参与合伙经营，则本协议视为借款协议，乙方需返还甲方（出借方）借款本金及利息”。在此情况下，若乙方未履行合作性质，根据协议约定，该款项应认定为借款，乙方需承担返还借款本金及利息的责任。
若书面协议未明确约定未履行合作性质时的处理方式，但双方有口头约定或行业惯例：
- 在此情况下，若双方能提供证据证明口头约定或行业惯例的内容，且该约定或惯例不违反法律、行政法规的强制性规定，法院可能会参考该约定或惯例进行判决。若口头约定或行业惯例倾向于认定为借款，则法院可能会判决乙方返还借款本金及利息。
二、无明确书面协议或书面协议不明确的情况
根据实际履行情况判断：
- 若双方虽签订了借款转为合伙入股的协议，但乙方未实际参与合伙经营，也未承担合伙风险，且甲方未将乙方列为合伙人或未向乙方分配合伙利润，则根据实际履行情况，该款项可能被认定为借款。因为合伙关系要求合伙人共同出资、共同经营、共享收益、共担风险，若乙方未履行这些义务，则不符合合伙关系的特征。
考虑是否存在欺诈、胁迫等情形：
- 若乙方在签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致甲方误将借款转为合伙入股，则甲方有权请求法院撤销该协议，并要求乙方返还借款本金及利息。因为欺诈、胁迫等情形违反了法律、行政法规的强制性规定，也违背了公序良俗原则。
三、法律建议
收集证据：
- 无论哪种情况，甲方都应尽可能收集与借款转为合伙入股相关的证据，如书面协议、口头约定记录、转账凭证、聊天记录等，以证明自己的主张。
协商解决：
- 在诉讼前，双方可以尝试通过协商解决纠纷。协商时，可以明确各自的权利义务，并签订书面协议以避免后续纠纷。
寻求法律帮助：
- 若协商无果，甲方可以寻求法律帮助，向法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，甲方应积极配合法院或仲裁机构的工作，提供证据证明自己的主张。
举例说明：假设甲方向乙方出借10万元，并签订书面协议约定该款项转为乙方对某合伙企业的入股资金。但协议签订后，乙方未实际参与合伙经营，也未承担合伙风险。在此情况下，若甲方能提供证据证明乙方未履行合作性质，则法院可能会判决乙方返还甲方借款本金10万元及相应利息。
后续行动建议：若您遇到类似情况，建议先与对方协商解决；若协商无果，请及时收集证据并寻求法律帮助。有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。