结论：您儿子作为公司部门主管，若公司涉嫌诈骗，其是否受连累以及工资是否算作赃款，需根据具体情况判断。以下从几个关键角度为您详细分析：

1. 个人是否知情并参与诈骗：

   • 若知情并参与：如果您儿子明知公司从事诈骗活动，仍积极参与或提供帮助，那么他可能构成诈骗罪的共犯。在此情况下，其获得的工资等收入很可能被认定为违法所得，需要依法追缴。
   • 若不知情：如果您儿子对公司诈骗行为完全不知情，且未从中获得不正当利益，那么他通常不会被视为犯罪嫌疑人。但需注意，作为部门主管，他可能因管理职责而承担一定的行政责任或民事责任，具体取决于其管理过失的程度和公司诈骗行为的严重性。

2. 工资是否算作赃款：

   • 若工资与诈骗行为直接相关：如果您儿子的工资是通过诈骗行为直接获得的，比如通过虚构项目、夸大业绩等方式骗取的奖金或提成，那么这些工资很可能被认定为赃款，需要依法追缴。
   • 若工资与诈骗行为无直接关联：如果您儿子的工资是其正常劳动所得，与诈骗行为无直接关联，比如基本工资、固定津贴等，那么这些工资通常不会被认定为赃款。但需注意，如果公司整体财务状况因诈骗行为而受到影响，导致工资支付存在不合法或不合理之处，那么这部分工资也可能面临一定的法律风险。

3. 退款与法律责任：

   • 主动退款的影响：如果您儿子选择主动退款，这通常会被视为认罪态度较好，可能在量刑时得到一定的从轻处理。但退款并不意味着可以完全免除法律责任，具体还需根据其在诈骗行为中的角色和贡献程度来判断。
   • 退款的范围：退款应限于与诈骗行为直接相关的违法所得，如通过诈骗获得的奖金、提成等。对于正常劳动所得的部分，通常不需要退款。但需注意，如果公司因诈骗行为被处罚，导致员工工资支付出现问题，那么员工可能需要通过合法途径维护自己的权益。

4. 建议与措施：

   • 及时咨询专业律师：鉴于此类案件的复杂性和敏感性，建议您儿子及时咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律责任。
   • 配合调查：在案件调查过程中，建议您儿子积极配合相关部门的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据，以维护自己的合法权益。
   • 关注案件进展：密切关注案件的进展情况，及时了解自己的法律地位和可能面临的法律后果，以便采取相应的应对措施。

后续行动建议：如果您儿子确实涉及此类案件，建议尽快联系我，以便我根据具体情况为您提供更详细的法律建议和帮助。同时，也请您保持冷静和理性，积极面对问题，共同寻求解决方案。