将考勤制度写进劳动合同中并不违法，但具体实施时需注意以下几点，以确保合法合规：
内容合法性：
- 考勤制度作为劳动合同的一部分，其内容必须符合国家法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。例如，不能设定不合理的加班要求、不合理的迟到早退处罚等。
- 考勤制度应明确工作时间、休息休假、加班补偿等关键条款，确保与《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规保持一致。
程序合法性：
- 在将考勤制度写入劳动合同前，用人单位应确保该制度已经过民主程序制定，如与职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定等。这是为了保障劳动者的知情权、参与权和表达权。
- 考勤制度应公示或告知劳动者，确保劳动者了解并同意其中的内容。这可以通过在劳动合同中明确约定、在单位内部公告栏张贴、通过电子邮件或内部系统通知等方式实现。
实际执行中的注意事项：
- 用人单位在执行考勤制度时，应确保公平、公正、公开，避免滥用考勤制度对劳动者进行不合理的处罚或解雇。
- 劳动者对考勤制度有异议时，用人单位应积极与劳动者沟通，解释制度内容，并根据实际情况进行合理调整。
法律后果：
- 如果考勤制度内容违法或程序不合法，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位改正或赔偿损失。
- 在极端情况下，如果考勤制度严重侵犯劳动者权益，如设定非法扣款、非法解雇等条款，用人单位可能面临法律制裁，包括罚款、赔偿损失等。
举例说明：
假设某公司在劳动合同中明确规定了考勤制度，包括工作时间、迟到早退的处罚措施等。如果该制度内容合法、程序合法，且在实际执行中公平公正，那么该制度就是有效的。但如果该制度规定迟到一次就扣发全天工资，这样的条款就可能因侵犯劳动者权益而被认定为无效。
建议：
- 用人单位在制定和执行考勤制度时，应咨询专业律师或法律顾问，确保制度内容合法、程序合法。
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读考勤制度条款，如有异议应及时与用人单位沟通并寻求法律帮助。
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