针对您提出的“农村建房没有办理施工许可证是否可以发停工协议”的问题，以下是我的详细解答：

首先，结论是明确的：如果农村建房项目未依法取得《建筑工程施工许可证》而擅自开工建设，相关行政管理部门（如住房和城乡建设局）是有权发出停工通知的，这通常体现在一份正式的停工协议或停工通知书中。

接下来，我详细解释一下相关流程和法律依据：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》第七条和第六十四条，建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证。未取得施工许可证擅自施工的，将被责令改正，对不符合开工条件的将责令停止施工，并可能面临罚款。
   • 《建设工程质量管理条例》第五十七条也明确规定，建设单位未取得施工许可证即开工的，将处以工程合同价款1%至2%的罚款。

2. 停工通知的内容：

   • 停工通知通常会明确指出项目存在的问题，如未依法取得施工许可证而擅自开工。
   • 它会依据相关法律法规，责令建设单位立即停止一切施工活动，并在停工期间严禁任何人员、设备进入施工现场作业。
   • 停工通知还会要求建设单位妥善做好现场安全防护及已完工程保护工作，并限期完善施工许可手续，提交相关证明材料至行政管理部门备案。

3. 停工通知的签发与送达：

   • 停工通知需要由具有相应职权的行政管理部门签发，并加盖公章以确保其法律效力。
   • 送达方式建议通过EMS邮寄（留存回执）或直接送达并签字确认，以确保建设单位已收悉并承诺遵守停工要求。

4. 后续跟踪与处理：

   • 行政管理部门会定期复查整改情况，确保建设单位已停止施工并正在完善相关手续。
   • 如果建设单位逾期未完成整改或擅自复工，行政管理部门将依法从重处罚，包括处以罚款、记入不良信用记录，甚至提请司法机关追究刑事责任。

最后，我建议您：

• 如果您是建设单位或项目负责人，且您的农村建房项目尚未办理施工许可证，请立即停止施工，并尽快向当地建设行政主管部门申请领取施工许可证。
• 如果您已收到停工通知，请务必遵守通知中的要求，及时完善手续并提交相关证明材料，以避免不必要的法律风险和损失。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。