乱占耕地建房法院强制执行是由人民法院来执行的，但申请执行的主体通常是作出处罚决定的自然资源主管部门。以下是对这一问题的详细分析：
行政处罚的作出与逾期不履行：
- 当发现有人乱占耕地建房时，自然资源主管部门会依法进行查处，并作出行政处罚决定。这个决定可能包括罚款、责令拆除违法建筑等金钱给付义务或行为义务。
- 如果当事人在法定期限内既不申请行政复议或提起行政诉讼，也不履行行政处罚决定，那么该决定即视为生效。
申请人民法院强制执行的条件与流程：
- 自然资源主管部门在当事人起诉期和复议期届满之日起的三个月内（紧急情况下除外），需向人民法院提出强制执行申请。这是基于《中华人民共和国行政强制法》的相关规定，即行政机关作出强制执行决定前，应当事先催告当事人履行义务。催告书送达十日后当事人仍未履行义务的，行政机关可以向所在地有管辖权的人民法院申请强制执行。
- 申请时，自然资源主管部门必须提供完整的申请材料，包括但不限于行政处罚决定书、催告书、当事人的意见及行政机关的催告情况、申请强制执行标的情况等。
- 人民法院在接到申请后，会对申请进行审查。若符合法定条件，将在作出执行裁定之日起五日内执行。
人民法院的执行过程：
- 人民法院在受理强制执行申请后，会依法进行审查，并作出是否执行的裁定。
- 如果裁定执行，人民法院将组织执行力量，对乱占耕地建房的违法建筑进行拆除，或者对罚款等金钱给付义务进行强制执行。
- 在整个执行过程中，人民法院会确保执法的合法性和公正性，保障当事人的合法权益。
法律背景与建议：
- 乱占耕地建房是违法行为，不仅违反了土地管理法规，也损害了公共利益。因此，自然资源主管部门有权依法进行查处，并申请人民法院强制执行。
- 对于当事人而言，应当积极配合执法工作，及时履行行政处罚决定，避免不必要的法律纠纷和损失。如果对行政处罚决定有异议，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
总结来说，乱占耕地建房法院强制执行是由人民法院来执行的，但申请执行的主体是作出处罚决定的自然资源主管部门。在整个过程中，必须严格遵循相关法律程序和规定，以确保执法的合法性和公正性。如果您在征地拆迁领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。