结论：面对公寓被租客注册了公司且租客不肯注销的情况，您可以通过协商、发送律师函、提起诉讼或向工商行政管理部门投诉等多种途径来解决。

详细分析与建议：

1. 协商解决：

   • 尝试沟通：首先，您可以尝试与租客进行友好协商，了解其不愿注销公司的具体原因，并尝试达成一个双方都能接受的解决方案。例如，您可以提出给予一定的经济补偿或提供其他便利条件，以换取租客同意注销公司。

2. 发送律师函：

   • 法律威慑：如果协商无果，您可以考虑委托律师向租客发送律师函。律师函中应明确指出租客的行为已经侵犯了您的合法权益，并要求其在一定期限内注销公司，否则将承担法律责任。律师函的发送往往能对租客产生一定的法律威慑作用，促使其主动履行义务。

3. 提起诉讼：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，您作为公寓的所有权人，有权要求租客停止侵害、排除妨碍并恢复原状。如果租客拒绝注销公司，您可以通过提起诉讼的方式，要求法院判决租客注销公司并赔偿因此给您造成的损失。
   • 诉讼流程：在提起诉讼前，您需要准备好相关证据材料，如房产证、租赁合同、租客注册公司的相关证明等。然后，向有管辖权的人民法院提起诉讼，并按照法院的要求参与诉讼活动。

4. 向工商行政管理部门投诉：

   • 行政投诉：您还可以向当地的工商行政管理部门投诉租客的行为。工商行政管理部门有权对租客的违法行为进行调查处理，并可以要求其限期改正。如果租客拒不改正，工商行政管理部门可以依法对其进行处罚，并协助您办理公司注销手续。

后续行动建议：

• 保留证据：在整个处理过程中，您应妥善保留所有与租客沟通、协商以及投诉、诉讼相关的证据材料，以备不时之需。
• 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类问题时，我建议您咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律指导。

可能面临的法律后果：

• 如果租客拒绝注销公司且您未采取有效措施维护自己的权益，可能会导致您的公寓无法正常使用或出租，从而给您带来经济损失。
• 如果您通过法律途径解决纠纷并胜诉，租客可能需要承担注销公司的费用、赔偿您的经济损失以及支付诉讼费用等法律责任。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。