影响工期不一定会扣除所有保证金，具体是否扣除以及扣除的比例，需依据合同中的相关条款来确定。以下从不同角度为你详细分析：

合同条款的明确约定

1. 有明确扣除条款：如果合同中明确规定了因承包方原因导致工期延误时，发包方有权扣除全部或部分保证金，并且详细说明了扣除的条件、比例和方式，那么在这种情况下，一旦工期受到影响且符合合同约定的扣除条件，发包方就有权按照合同约定扣除相应的保证金。例如，合同中可能规定，若工期延误超过合同约定工期的10%，则扣除全部保证金；若延误在5%至10%之间，则扣除50%的保证金。

2. 无明确扣除条款或条款模糊：如果合同中没有明确规定因工期延误扣除保证金的具体条款，或者条款表述模糊、存在歧义，那么发包方就不能随意扣除全部保证金。在这种情况下，双方应首先通过协商来解决问题，尝试达成一个双方都能接受的解决方案。如果协商无果，可能需要通过法律途径，如仲裁或诉讼，来由第三方（如仲裁机构或法院）根据合同的整体内容、行业惯例以及公平原则等因素来判定是否应扣除保证金以及扣除的比例。

工期延误的原因和责任归属

1. 承包方责任：如果工期延误是由于承包方的原因造成的，如施工管理不善、人员不足、材料供应不及时等，那么根据合同约定，承包方可能需要承担相应的违约责任，包括扣除保证金。但即使如此，扣除全部保证金也并非必然，还需看合同中的具体规定。

2. 非承包方责任：如果工期延误是由于不可抗力因素（如自然灾害、政府行为等）或发包方的原因（如设计变更、资金不到位等）造成的，那么承包方通常不需要承担违约责任，发包方也就无权扣除保证金。在这种情况下，双方应共同协商解决方案，如调整工期、增加费用等。

法律原则和公平性考虑

即使合同中有关于扣除保证金的条款，但在实际操作中，法院或仲裁机构也会考虑法律原则和公平性。如果扣除全部保证金对承包方来说过于苛刻，且不符合公平原则，那么法院或仲裁机构可能会调整扣除的比例或方式。例如，如果承包方已经采取了积极的补救措施来尽量减少工期延误的影响，并且延误并非完全由其造成，那么法院或仲裁机构可能会酌情减少保证金的扣除比例。

建议：

• 在签订合同时，双方应明确约定工期延误时保证金的扣除条款，包括扣除的条件、比例和方式等，以避免后续纠纷。
• 一旦发生工期延误的情况，双方应首先通过协商来解决问题，尽量达成一个双方都能接受的解决方案。
• 如果协商无果，且合同中存在争议或模糊条款，建议及时咨询专业律师，通过法律途径来维护自己的合法权益。

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