核心结论：公司发现绩效多发给员工且款项已进入员工账户，公司有权要求员工返还多发的绩效，员工应予以配合；若员工拒绝返还，公司可通过协商、内部处理、劳动仲裁或诉讼等途径解决。以下是具体分析：

1. 法律关系分析

• 不当得利返还义务：根据《中华人民共和国民法典》第九百八十五条，员工没有合法依据取得不当利益（即多发的绩效），造成公司损失的，应当将取得的不当利益返还受损失的公司。这是员工的基本法律义务。
• 劳动关系中的特殊规定：虽然绩效多发涉及劳动关系，但返还义务不因劳动关系而免除。即使员工已离职，仍需返还多收款项。

2. 公司可采取的措施

• 协商解决：公司可首先与员工沟通，说明多发情况，要求员工主动返还。这是最快捷、成本最低的方式。
• 内部处理：若员工拒绝返还，公司可依据内部规章制度（如《员工手册》）对员工进行纪律处分，但需确保制度合法且已向员工公示。
• 劳动仲裁或诉讼：若协商和内部处理无效，公司可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院提起民事诉讼，要求员工返还多收款项。

3. 员工可能提出的抗辩及应对

• 抗辩理由：员工可能主张多发绩效是公司自愿给予的奖励，或认为公司计算错误应自行承担后果。
• 应对方式：公司需提供证据（如绩效计算表、工资条、银行转账记录等）证明多发是错误，而非自愿给予。若员工无法提供相反证据，其抗辩通常不会被支持。

4. 实务建议

• 完善制度：公司应建立完善的绩效计算和发放制度，避免类似错误发生。
• 及时沟通：发现多发后，公司应尽快与员工沟通，避免员工产生“公司默认”的误解。
• 保留证据：公司应妥善保存绩效计算、审批、发放等相关证据，以备后续维权使用。

5. 风险提示

• 诉讼成本：若通过诉讼解决，公司需承担诉讼费、律师费等成本，且耗时较长。
• 员工关系：处理不当可能影响公司与员工的关系，甚至引发其他劳动争议。

总结：公司发现绩效多发后，应首先与员工协商返还；若员工拒绝，可通过内部处理、劳动仲裁或诉讼等途径解决。公司应完善制度、及时沟通、保留证据，以降低风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。