当公司债权人的债权已过诉讼时效时，作为债务人，你可以采取以下策略来维护自己的合法权益：

一、明确诉讼时效抗辩权

首先，你需要明确的是，一旦主债权的诉讼时效期间届满，你作为债务人便拥有了一项重要的法律权利——诉讼时效抗辩权。这意味着，如果债权人向法院提起诉讼要求你偿还债务，你可以向法院提出诉讼时效抗辩，主张债权已过诉讼时效，从而避免承担偿还责任。法院在审查后，如果确认诉讼时效确实已过，将会驳回债权人的诉讼请求。

二、谨慎处理债权人的催款行为

在债权已过诉讼时效的情况下，你需要特别谨慎地处理债权人的催款通知或其他相关文件。避免在这些文件上签字或盖章，或者作出任何同意履行债务的意思表示。因为一旦你做出了这样的行为，可能会被视为对原债务的重新确认，从而重新承担起还款责任。

三、保留相关证据

为了支持你的诉讼时效抗辩，你需要保留好与债权相关的所有证据，包括但不限于借款合同、还款记录、催款通知等。这些证据将有助于你在法庭上证明债权已过诉讼时效，从而维护你的合法权益。

四、考虑与债权人协商

尽管债权已过诉讼时效，但你仍然可以考虑与债权人进行协商，尝试达成一种双方都能接受的解决方案。例如，你可以提出分期偿还债务、减免部分债务等建议。如果债权人同意这些建议，你们可以签订一份新的还款协议，这份协议将受到法律的保护，并重新设定诉讼时效。

五、寻求专业法律帮助

在处理这类复杂的法律问题时，寻求专业律师的帮助是非常重要的。律师可以为你提供具体的法律建议，帮助你分析案情，评估证据，并制定出最佳的应对策略。

六、预防未来风险

为了避免未来再次遇到类似的问题，你应该加强借贷事务的谨慎性。确保在签订借款合同时明确约定还款期限、利息等条款，并保留好相关证据。同时，你也可以考虑在借款合同中加入诉讼时效的提醒条款，以提醒双方及时行使权利、履行义务。

综上所述，当公司债权人的债权已过诉讼时效时，你可以通过提出诉讼时效抗辩、谨慎处理债权人的催款行为、保留相关证据、考虑与债权人协商以及寻求专业法律帮助等方式来维护自己的合法权益。同时，你也应该加强借贷事务的谨慎性，预防未来风险。