结论：后邻不让您在自家宅基地上建二层楼房是否合法，这主要取决于您的建设行为是否符合相关法律法规以及是否侵犯了后邻的合法权益。以下从多个角度为您详细分析：

1. 宅基地使用权与建设规划

   • 根据《土地管理法》及相关规定，宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。但建设行为必须符合乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划，并取得相应的建设许可。
   • 如果您的建设行为已经获得了相关部门的批准，且符合规划要求，那么后邻无权阻止您建设。

2. 相邻关系与通风、采光、日照等权益

   • 根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
   • 如果您的二层楼房建设会严重影响后邻的通风、采光、日照等权益，且未采取必要的补救措施，那么后邻有权提出异议，并可能通过法律途径要求您停止建设或采取补救措施。

3. 建设行为是否构成侵权

   • 如果您的建设行为超出了宅基地的使用范围，或者侵犯了后邻的其他合法权益（如隐私权、安全权等），那么后邻有权要求您停止侵权行为，并可能要求赔偿损失。

4. 实际操作建议

   • 在建设前，建议您先了解并遵守当地的土地利用规划和建设许可要求，确保建设行为的合法性。
   • 同时，与后邻进行友好沟通，了解他们的担忧和诉求，尽量通过协商达成共识，避免不必要的纠纷。
   • 如果协商无果，且您认为自己的建设行为合法且未侵犯后邻权益，可以寻求法律途径解决纠纷，如向当地土地管理部门投诉或提起民事诉讼。

后续行动建议：

• 在建设前，务必确认已获得所有必要的建设许可和规划批准。
• 与后邻保持沟通，尽量通过协商解决可能出现的纠纷。
• 如遇复杂情况或纠纷难以解决，建议及时向我咨询，以便获得更具体的法律建议和帮助。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。