针对公司总经理严重职务违法的情况，处理方式需结合违法性质、公司章程及法律规定综合判断。以下是具体处理路径及法律依据：

1. 内部处理程序

   • 启动调查：公司董事会或监事会应立即成立专项调查组，委托内部审计或第三方机构核查违法事实（如贪污、挪用资金、利益输送等），固定书面证据、财务记录、通讯记录等关键材料。
     
   • 临时措施：根据《公司法》第149条，若总经理行为可能损害公司利益，董事会可决议暂停其职务，但需注意程序合法性（如召开临时董事会、留存会议记录）。
     
   • 股东会决议：若违法情节严重，可依据《公司法》第39条、第43条召开临时股东会，经代表三分之二以上表决权的股东通过，解除其总经理职务。

2. 刑事追责路径

   • 报案条件：若涉嫌职务侵占罪（《刑法》第271条，数额较大处3年以下有期徒刑）、挪用资金罪（《刑法》第272条，数额较大不退还处3-10年有期徒刑）或非国家工作人员受贿罪（《刑法》第163条），公司应向公安机关经侦部门报案，提交初步证据材料。
     
   • 刑事强制措施：公安机关立案后，可能对总经理采取刑事拘留、逮捕等措施，公司需配合提供证据并协助侦查。
     
   • 刑事附带民事诉讼：在刑事诉讼中，公司可作为被害人提起附带民事诉讼，要求赔偿经济损失（如资金损失、商誉损害等）。

3. 民事赔偿与追偿

   • 公司索赔：依据《民法典》第1165条，公司可单独提起民事诉讼，要求总经理赔偿因违法行为造成的直接损失（如资金缺口、合同违约损失等）。
     
   • 高管连带责任：若其他董事、监事未履行监督职责，可能依据《公司法》第149条、第151条承担连带赔偿责任。
     
   • 执行程序：胜诉后，若总经理拒不履行判决，公司可申请法院强制执行其个人财产（如房产、股权、银行账户等）。

4. 行政监管介入

   • 市场监管部门：若违法行为涉及虚假陈述、操纵市场等，可向证监会或地方金融监管局举报，触发行政处罚（如罚款、市场禁入）。
     
   • 税务机关：若存在偷逃税款行为，需向税务机关补缴税款及滞纳金，并可能面临行政处罚。

操作建议：

• 优先固定证据（如财务凭证、邮件、录音等），避免证据灭失；
  
• 同步启动内部调查与刑事报案，形成双重压力；
  
• 委托律师起草《律师函》或《刑事控告书》，提升程序专业性；
  
• 关注公司章程中关于高管免职的特别规定（如表决权比例、通知程序等）。
  

如有具体案件细节（如违法类型、金额、公司性质等），可进一步向我咨询，我会结合实务经验提供针对性方案。