借款人另行出具的利息约定函，在符合法定条件时具有法律效力，但需根据具体情况判断其效力范围及是否受法律保护。以下从不同角度分析其效力问题：

1. 合同自由原则下的效力认定
   根据《民法典》第六百六十九条，借款合同双方可就利息、还款方式等条款进行约定。若利息约定函系双方真实意思表示，且不违反法律强制性规定（如利率上限），则该约定函构成对原借款合同的补充或变更，具有法律效力。例如，双方在原合同中未明确利息，后续通过约定函明确利率，只要未超过法定上限（当前为LPR四倍），即受法律保护。

2. 利率合法性的核心限制
   若约定函中的利率超过司法保护上限（如超过合同成立时一年期LPR的四倍），超出部分将被认定为无效。根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，超出部分的利息约定不受法律保护，借款人有权拒绝支付。但需注意，若借款人已自愿支付超出部分利息，法院通常不会支持其主张返还。

3. 形式要件与证据效力
   利息约定函需满足书面形式要求（除非双方认可其他形式），且内容应明确具体（如利率计算方式、支付时间等）。若约定函存在模糊表述或歧义，可能因“约定不明”被法院参照市场利率或交易习惯处理。此外，若借款人能证明约定函系受胁迫、欺诈等情形签订，可主张撤销该约定。

4. 与原借款合同的关系
   若原借款合同已明确约定利息，后续约定函需明确表示变更原利率条款，否则可能被认定为新要约。若双方未就变更达成合意，原利率条款仍有效。例如，原合同约定年利率10%，约定函改为15%但未明确“变更”，借款人可能主张按原利率履行。

实务建议：

• 金融机构应要求借款人在约定函中明确“变更原合同利率条款”的意思表示，并签字盖章确认；
  
• 借款人签署前应核对利率是否合法，避免因超限利率导致部分约定无效；
  
• 双方均需保留约定函原件，作为纠纷时的关键证据。
  

如有具体案件细节（如利率数值、签订过程等），可进一步向我咨询以精准分析效力问题。