公司只给综合工资是否合法，需根据具体情况进行综合判断。以下是对此问题的详细分析与总结：
一、合法情况
劳动合同或规章制度明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了工资构成仅包括综合工资（该综合工资可能包含基本工资、绩效工资、奖金等各项收入），且该综合工资不低于当地最低工资标准，同时公司按照约定实际支付了综合工资，那么这种做法是合法的。
- 劳动合同或规章制度中的约定应清晰、明确，且双方应充分理解并同意这些条款。例如，若合同中明确综合工资为5000元，且该金额不低于当地最低工资标准，公司按月支付5000元，即符合法律规定。
特殊情况下的协商与同意：
- 在遇到不可抗力因素（如自然灾害、政府行政命令等）或公司确实面临严重经营困难时，如果公司与工会或职工代表大会协商一致，并向员工说明情况，调整工资支付方式（如暂时只支付综合工资中的基本部分），这种做法在符合相关法律法规的前提下，通常是被允许的。
- 这种协商应基于公平、透明和自愿的原则，并确保员工的合法权益得到保障。例如，公司因疫情导致经营困难，与员工协商后决定暂时只支付基本工资部分，待经营状况好转后再补发绩效工资等。
二、不合法情况
无故降低工资或未足额支付：
- 没有任何合同约定或法定理由，公司单方面决定只支付综合工资中的部分金额（如仅支付基本工资而扣发绩效工资、奖金等），降低员工的工资待遇，这是不合法的。
- 这种行为擅自变更了劳动合同的重要内容，严重损害了员工的权益。例如，合同中约定综合工资为8000元，但公司无故只支付5000元，即构成违法。
绩效考核不合理或未公示：
- 虽然公司声称因绩效考核不达标而只支付综合工资中的部分金额，但绩效考核标准不明确、不合理，或者考核过程不公正、不透明，缺乏充分的事实依据来证明员工未达到绩效要求，这种做法也是违法的。
- 绩效考核应基于公平、公正和透明的原则进行，并确保员工有申诉和反馈的权利。例如，公司未公示绩效考核标准，却以员工绩效不达标为由扣发工资，即违反了法律规定。
低于最低工资标准：
- 即便劳动合同或规章制度中约定了综合工资，用人单位在实际支付过程中也需确保该工资不低于当地的最低工资标准。
- 如果综合工资低于这一标准，同样是不合法的。例如，当地最低工资标准为2000元/月，但公司支付的综合工资仅为1500元/月，即构成违法。
三、劳动者权益保护
协商与投诉：
- 面对公司只支付综合工资中的部分金额的不合法行为，劳动者首先应与公司进行协商解决，要求其按照劳动合同约定支付足额工资。
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉，寻求政府的帮助和支持。劳动监察部门会依法对公司进行调查和处理。
劳动仲裁与诉讼：
- 如果协商和投诉均无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼来维护自身的合法权益。
- 在此过程中，劳动者应保留好相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录、绩效考核表等），以便在仲裁或诉讼中提供有力的支持。
总结来说，公司只给综合工资是否合法取决于多种因素的综合考量。劳动者在面对此类问题时，应了解自己的权益并采取适当的措施进行维权。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。