结论：农业农村部门确实有权查处宅基地上的违法行为，这是其法定职责之一。具体来说，县级以上人民政府农业农村主管部门是主要的执法主体，负责责令退还非法占用的土地及限期拆除等处罚。

详细分析：

1. 农业农村部门的法定职责：

   • 根据新修正的《土地管理法》第78条，农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为，由县级以上人民政府农业农村主管部门负责查处。这包括责令退还非法占用的土地，以及限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
   • 农业农村部门不仅负责农村宅基地改革和管理有关工作，还承担起草相关法律法规草案及政策、指导宅基地分配使用流转、纠纷仲裁管理以及违法用地查处等职责。

2. 协同管理部门的角色：

   • 虽然农业农村部门是主要的执法主体，但自然资源主管部门也承担着重要的协同管理职责。特别是对于涉及违反土地利用总体规划、占用农用地特别是耕地等违法宅基地建设行为，自然资源主管部门有权进行查处，并依法作出相应的处罚决定。
   • 乡（镇）人民政府在日常管理中对维护农村宅基地使用秩序也起到重要作用。它们有责任对本辖区内的宅基地使用情况进行监督管理，发现违法建设行为可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。

3. 法律后果与执法实践：

   • 如果农业农村部门发现宅基地上的违法行为，将依法进行查处，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除新建房屋等。这些处罚措施旨在维护农村宅基地使用的合法性和秩序性。
   • 在司法实践中，省内外法院系统、检察院系统在处理相关案件时，均认为农村村民违法占用土地（包括各类土地）建设住宅的行为应由农业农村部门查处。这一实践做法与法律规定和机构职能分工相一致。

建议：

• 如果您或他人涉及宅基地上的违法行为，建议积极配合农业农村部门的调查和处理工作，避免进一步的法律后果。
• 如果您对农业农村部门的查处决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
• 在日常生活中，应严格遵守宅基地使用的相关法律法规，避免非法占用土地或进行违法建设行为。

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