结论：合同上的章与收款方是另一个公司，这种情况是否合法不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同主体与收款主体不一致的合法性分析
合同相对性原则：
- 通常情况下，合同具有相对性，即合同的权利义务应由合同上的双方主体承担和享有。如果合同上的章（即合同签署方）与收款方不一致，这可能引发对合同相对性的质疑。
- 合法情形：如果合同中明确约定了收款方为第三方（即合同签署方指定的收款人），或者双方在实际履行过程中通过行为默认了这种安排（如长期合作中一直如此操作），那么这种不一致可能是合法的。
- 非法情形：如果合同中没有明确约定，且收款方与合同签署方没有合法关联（如无授权、无代理关系等），那么这种不一致可能构成违约或欺诈，是不合法的。
代理关系或授权：
- 如果收款方是合同签署方的代理人或受托人，且持有有效的授权文件，那么收款行为是合法的。
- 在这种情况下，合同签署方应对收款方的行为承担法律责任，因为收款方是在其授权范围内行事。
公司关联或合并分立：
- 如果合同签署方与收款方存在关联关系（如母子公司、姐妹公司等），或者由于公司合并、分立等原因导致收款方变更，那么这种不一致也可能是合法的。
- 但这种情况下，通常需要在合同中或相关文件中明确说明这种关联关系或变更情况。
二、可能存在的法律风险及建议
法律风险：
- 如果合同上的章与收款方不一致且没有合法依据，可能引发合同纠纷、欺诈诉讼等法律风险。
- 对于收款方而言，如果未经合法授权收取款项，可能构成不当得利或侵占罪等法律责任。
建议：
- 对于合同签署方：在签署合同时，应明确约定收款方及其收款权限，避免产生不必要的纠纷。如果确实需要变更收款方，应及时与对方协商并修改合同或签订补充协议。
- 对于收款方：在收取款项前，应确认自己是否具有合法的收款权限，并保留好相关授权文件或证据。如果未经授权收取款项，应及时退还并承担相应法律责任。
- 对于双方：在交易过程中，应保持谨慎态度，核实对方身份和授权情况，避免陷入法律风险。如果发生纠纷，应及时咨询专业律师并采取相应法律措施维护自身权益。
三、实际操作中的注意事项
- 在签署合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于收款方的约定。
- 如果发现合同上的章与收款方不一致，应及时与对方沟通并核实情况。
- 在交易过程中，保留好所有相关证据（如合同、付款凭证、沟通记录等），以便在发生纠纷时维护自身权益。
总结：合同上的章与收款方是另一个公司是否合法，取决于合同中的约定、双方的实际行为以及是否存在合法的代理关系或关联关系等因素。在交易过程中，双方应保持谨慎态度并核实对方身份和授权情况，以避免陷入法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。