父母可通过以下方式保护自身合法权利，具体需结合出资性质、产权登记及家庭内部约定综合处理：

1. 明确出资性质并保留证据
   若父母出资为借款，需与女儿签订书面借款协议，明确借款金额、用途、还款期限及利息（如有），并保留转账记录、购房合同等证据。若出资为赠与，建议通过书面赠与协议明确赠与对象（仅限女儿个人或包括其配偶），避免因婚姻变动导致财产分割风险。根据《民法典》第1063条，婚前赠与或明确赠与一方的财产属于个人财产，但需有充分证据支持。

2. 通过产权登记设计保护权益

   • 单独登记在女儿名下：若房产登记在女儿个人名下，通常视为女儿个人财产，但需注意：
     
     • 若女儿已婚，父母需证明出资为女儿个人财产（如婚前出资或明确赠与女儿个人），否则可能被认定为夫妻共同财产。
       
     • 建议通过公证赠与协议或书面声明，明确出资性质及产权归属。
       
   • 按份共有登记：父母可与女儿共同登记为产权人，并约定各自份额（如父母占1%）。根据《民法典》第297条，按份共有人对共有财产享有份额，父母可依据份额主张权利，避免房产被女儿单方处置。

3. 签订家庭内部协议并公证
   父母可与女儿（及其配偶，如涉及）签订书面协议，明确房产实际归属、出资性质、使用限制（如禁止擅自转让或抵押）及违约责任。协议经公证后具有更强法律效力，可有效约束各方行为。例如，若女儿违反协议擅自处置房产，父母可依据协议主张赔偿或要求撤销处置行为。

4. 设立居住权或抵押权

   • 居住权：父母可与女儿签订居住权合同并办理登记，确保自身对房产的长期居住权，即使房产所有权转移，居住权仍受法律保护（《民法典》第366-371条）。
     
   • 抵押权：若父母出资为借款，可要求女儿将房产抵押给父母并办理登记，作为债务担保。若女儿未还款，父母可依法行使抵押权，优先受偿。

5. 及时应对产权变动风险
   若女儿拟转让、抵押房产或涉及离婚诉讼，父母应立即主张权利：

   • 对转让或抵押行为，可依据赠与协议、借款协议或共有权证明，主张行为无效或要求赔偿；
     
   • 对离婚财产分割，可依据出资证据或赠与协议，主张房产为女儿个人财产，排除配偶分割请求。

建议：父母应根据具体需求（如保障居住、防范婚姻风险或控制财产处置）选择合适方式，并优先通过书面协议、公证及产权登记设计固定权利。若已发生纠纷，需尽快收集证据并咨询律师，通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。