结论：拆迁方以存在“钉子户”为由不按时支付清零费，这一做法是否合理，需根据具体情况分析，一般情况下是不合理的，但如果合同中有特别约定则可能例外。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定优先原则
合同有明确约定：如果清零合同中明确约定了支付清零费的条件，包括但不限于所有拆迁户均同意拆迁、无钉子户存在等，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么拆迁方在存在钉子户的情况下不支付清零费，可能是有合同依据的，此时拆迁方的行为可能被视为合理。但这种情况较为特殊，因为通常清零费是针对已同意拆迁并完成相关手续的拆迁户的补偿，不应因个别钉子户的存在而受到影响。
合同无明确约定：如果清零合同中并未明确约定支付清零费的条件，或者约定不明确，那么拆迁方以存在钉子户为由不支付清零费，就缺乏合同依据。在这种情况下，拆迁方的行为可能构成违约，拆迁户有权要求拆迁方按照合同约定支付清零费。
二、法律法规的考量
拆迁补偿的法定性：根据相关法律法规，拆迁补偿是拆迁方对被拆迁户因房屋拆迁而遭受的损失进行的补偿，具有法定性。清零费作为拆迁补偿的一部分，其支付也应遵循法律法规的规定。
钉子户的影响：钉子户的存在可能会影响拆迁项目的整体进度，但这并不构成拆迁方不支付其他已同意拆迁户清零费的合法理由。拆迁方应通过合法途径解决与钉子户之间的纠纷，而不是将责任转嫁给其他已同意拆迁的户主。
三、实际操作中的建议
审查合同条款：首先，建议您仔细审查清零合同的条款，特别是关于支付清零费的条件和方式的约定。如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么您需要按照合同约定来处理。
与拆迁方协商：如果合同中没有明确约定或者约定不明确，您可以尝试与拆迁方进行协商，要求其按照合同约定支付清零费。在协商过程中，您可以强调拆迁补偿的法定性和钉子户存在不应成为不支付清零费的理由。
寻求法律援助：如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助。您可以向当地法律援助中心或者律师事务所咨询，了解您的权益和可行的法律途径。在必要时，您可以委托律师代理您进行诉讼或者仲裁，以维护您的合法权益。
最后，拆迁补偿问题涉及复杂的法律关系和利益博弈，建议您在处理此类问题时保持谨慎和理性。如果您有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。