针对您在事业单位有5年停薪留职的情况，核心结论是：需根据停薪留职协议内容、单位规章制度及法律法规综合判断后续处理方式，具体可从以下角度分析：

1. 核查停薪留职协议的合法性与有效性
   根据《劳动合同法》及相关规定，停薪留职需双方协商一致并签订书面协议，明确期限、待遇、社保缴纳等条款。若协议未违反法律强制性规定（如未约定超长期限、未剥夺劳动者基本权益），则具有法律效力。

   • 若协议合法：您需按协议履行义务（如定期报备、遵守单位纪律），单位也应按约定保留岗位或支付基本生活费。
     
   • 若协议违法（如未签订书面协议、期限超过法定上限）：您可主张协议无效，要求单位恢复劳动关系或支付经济补偿。

2. 关注停薪留职期限与单位规章制度
   事业单位通常有内部人事管理制度，需核查：

   • 单位是否允许长期停薪留职：部分单位可能规定停薪留职期限（如最长2年），超出期限可能视为自动离职。
     
   • 是否需提前申请续期：若协议即将到期，需及时与单位沟通续签或返岗，避免因逾期未处理被解除劳动关系。
     
   • 社保缴纳问题：停薪留职期间，单位可能仅代缴社保个人部分，需确认单位是否履行义务，避免影响社保权益。

3. 返岗后的权利与义务

   • 岗位保留：若协议约定单位保留岗位，返岗后应恢复原工作；若无约定，单位可能安排其他岗位，您需协商或接受合理调岗。
     
   • 工资与福利：返岗后，单位应按同岗位标准支付工资，并补发停薪留职期间未发放的法定福利（如年假、年终奖等，需根据协议约定判断）。
     
   • 考核与晋升：长期停薪留职可能影响单位对您的考核评价，需提前与单位沟通返岗后的职业发展安排。

4. 特殊情形处理

   • 单位单方解除协议：若单位以“旷工”“违反纪律”等理由解除劳动关系，需核查解除依据是否充分（如是否提前通知、是否符合规章制度）。若解除违法，您可申请劳动仲裁要求赔偿。
     
   • 您主动离职：若想提前结束停薪留职，需按协议约定提前通知单位，并协商处理未尽事宜（如社保转移、经济补偿等）。
     
   • 单位改制或合并：若单位发生改制、合并等情形，需根据新单位政策或协议约定处理劳动关系，可能涉及岗位调整或补偿。

建议行动步骤：

1. 整理停薪留职协议、单位规章制度、工资发放记录等材料；
   
2. 与单位人事部门沟通，明确返岗时间、岗位、待遇等关键事项；
   
3. 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护合法权益。
   

如有进一步疑问或需具体方案，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解答。