承包人应立即停止施工或使用，主动联系发包人共同委托专业机构进行质量鉴定，并根据鉴定结果承担相应责任或主张权利。具体应对策略如下：
立即停止施工或使用，防止损失扩大
根据《民法典》第801条，若工程未经验收即被使用，承包人仍需对地基基础和主体结构质量承担终身责任。发现质量问题后，承包人应第一时间书面通知发包人停止使用，并采取临时加固措施（如支撑、防护等），避免质量问题恶化导致人身或财产损失扩大。若发包人拒不配合，承包人可留存书面通知、现场照片等证据，后续主张免责时可作为关键依据。
主动委托质量鉴定，明确责任边界
承包人应联合发包人共同委托具有资质的第三方检测机构（如建筑工程质量检测中心）对质量问题进行鉴定，鉴定内容需涵盖：
- 质量问题的成因（如设计缺陷、施工材料不合格、使用不当等）；
- 质量问题的严重程度（如是否影响结构安全、是否需返工修复）；
- 质量问题的修复方案及费用。
若发包人拒绝配合，承包人可单方委托鉴定，但需确保鉴定程序合法（如通知发包人到场、留存鉴定样本等），否则鉴定结果可能被法院不予采信。
根据鉴定结果承担责任或主张权利
- 若质量问题由承包人导致（如施工工艺缺陷、材料以次充好）：
承包人需承担修复费用及因质量问题导致的发包人损失（如工期延误违约金、第三方财产损失等）。若发包人已自行修复，承包人需赔偿实际修复费用，但需以合理范围为限（如发包人未履行减损义务导致费用过高，承包人可主张扣减）。
- 若质量问题由发包人导致（如擅自变更设计、使用不符合标准的材料、未提供必要施工条件）：
承包人可主张免责，并要求发包人承担修复费用及承包人因此遭受的损失（如停工损失、设备闲置费用等）。若发包人以“未验收使用”为由主张承包人承担全部责任，承包人可依据鉴定报告抗辩，证明质量问题与自身无关。
- 若质量问题由第三方导致（如自然灾害、第三方破坏）：
承包人需协助发包人向第三方追偿，但若承包人未尽到合理防护义务（如未设置警示标志、未采取加固措施），可能需承担部分补充责任。
协商或诉讼解决争议
若双方对责任划分或赔偿金额无法达成一致，承包人可：
- 协商解决：通过书面协议明确责任比例、修复方案及赔偿金额，避免诉讼成本；
- 诉讼/仲裁：若协商无果，承包人可依据《民事诉讼法》或仲裁协议向法院起诉或申请仲裁，主张自身权利。诉讼中需重点提交质量鉴定报告、施工记录、材料合格证明等证据，证明自身无过错或过错程度较低。
提示：工程未经验收即被使用，承包人仍需对地基基础和主体结构质量负责，但其他部分的质量责任可能因“发包人擅自使用”而部分转移。建议承包人在施工过程中留存完整证据（如施工日志、材料检测报告、隐蔽工程验收记录等），以便后续主张权利时提供支持。若有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据情况为您制定应对方案。