在刑事案件中，如果辩护人认为事实不清，确实可以申请鉴定。这是辩护人行使辩护权、保障被告人合法权益的重要手段之一。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，辩护人有权提出与案件事实相关的证据和意见，包括申请鉴定。当辩护人认为案件中的某些事实存在疑问，需要通过专业鉴定来澄清时，可以向法庭提出鉴定申请。

二、申请鉴定的条件

1. 事实不清：这是申请鉴定的核心条件。辩护人需要明确指出案件中哪些事实存在疑问，以及这些疑问如何影响案件的定性和量刑。
2. 鉴定必要性：辩护人需要说明为什么需要进行鉴定，以及鉴定将如何帮助法庭更准确地认定案件事实。例如，在涉及专业知识的案件中，如毒品犯罪、经济犯罪等，鉴定可能对于确定犯罪性质、犯罪数额等关键事实具有决定性作用。
3. 鉴定可行性：辩护人还需要考虑鉴定的可行性，包括是否存在合适的鉴定机构、鉴定方法是否科学可靠等。

三、申请鉴定的程序

1. 提交申请：辩护人需要在法庭审理过程中，以书面形式向法庭提交鉴定申请，明确说明申请鉴定的理由、鉴定事项和鉴定机构等。
2. 法庭审查：法庭会对辩护人的鉴定申请进行审查，判断其是否符合法律规定和案件需要。如果法庭认为申请合理且必要，会批准鉴定申请。
3. 鉴定实施：在法庭批准后，鉴定机构会按照法定程序进行鉴定，并出具鉴定意见。鉴定意见将作为法庭认定案件事实的重要依据之一。

四、申请鉴定的注意事项

1. 及时提出：辩护人应在发现事实不清时及时提出鉴定申请，以免错过最佳时机。
2. 充分准备：在提出鉴定申请前，辩护人应充分准备相关证据和材料，以支持其申请。
3. 尊重鉴定意见：虽然鉴定意见是法庭认定案件事实的重要依据，但辩护人也有权对鉴定意见提出质疑和反驳。如果辩护人认为鉴定意见存在错误或不合理之处，可以向法庭提出异议，并申请重新鉴定或补充鉴定。

五、实际案例参考

在实际案例中，辩护人经常通过申请鉴定来澄清案件事实。例如，在毒品犯罪案件中，辩护人可能申请对涉案毒品进行成分鉴定，以确定其是否属于毒品以及种类和数量；在经济犯罪案件中，辩护人可能申请对涉案财务数据进行审计鉴定，以确定犯罪数额和犯罪性质等。

总结来说，在刑事案件中，如果辩护人认为事实不清，可以积极行使辩护权，向法庭提出鉴定申请。通过合法、合理的鉴定程序，有助于法庭更准确地认定案件事实，保障被告人的合法权益。如果您在刑事案件中遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询。