关于您提出的“转让了店但没有变更法人，之前的法人不配合办理相关证件，转让协议是否合法”的问题，首先明确结论：转让协议本身的合法性并不直接受法人是否变更的影响，但法人未变更可能影响后续证件办理及责任承担，且若转让协议存在法定无效情形则协议不合法。以下从多个角度为您详细分析：
一、转让协议的合法性
协议内容合法性：
- 转让协议只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。
- 协议中应明确转让的内容（如店铺资产、经营权等）、转让价格、支付方式、违约责任等关键条款。
法人变更与协议合法性的关系：
- 法人变更并非转让协议生效的必要条件。即使法人未变更，只要转让协议本身合法，协议仍然有效。
- 但法人未变更可能影响后续证件的办理，因为相关证件（如营业执照、税务登记证等）通常与法人名称相关联。
二、法人不配合办理相关证件的问题
法人变更的必要性：
- 根据《公司法》及相关规定，公司法人变更需办理工商变更登记手续。若未办理，原法人仍为公司名义上的法定代表人。
- 法人变更后，新法人有权代表公司办理相关证件的变更手续。
原法人不配合的法律后果：
- 若原法人拒绝配合办理法人变更手续，可能构成违约或侵权，您有权依据转让协议或相关法律规定追究其责任。
- 在极端情况下，若原法人的行为严重损害公司利益，您（作为新实际控制人）可考虑通过法律途径申请强制变更法人或寻求其他救济措施。
证件办理的替代方案：
- 若原法人确实无法配合，您可尝试与相关部门沟通，说明情况并提供转让协议等证据，看是否能以其他方式办理证件变更。
- 必要时，可寻求专业律师的帮助，通过法律程序解决证件办理问题。
三、转让协议可能存在的风险及防范
协议条款的完善性：
- 确保转让协议中明确约定法人变更的时间、方式及违约责任等条款，以降低后续风险。
- 考虑设置保证金或担保条款，以确保原法人履行法人变更义务。
尽职调查的重要性：
- 在签订转让协议前，应对店铺的财务状况、法律纠纷、证件情况等进行全面尽职调查，以避免潜在风险。
- 特别关注法人变更的可行性及可能遇到的障碍。
法律程序的遵循：
- 在办理法人变更及证件变更手续时，务必遵循相关法律法规及程序要求，确保手续合法有效。
四、建议行动
与原法人协商：
- 尝试与原法人进行友好协商，明确法人变更的重要性及必要性，争取其配合办理相关手续。
寻求法律帮助：
- 若协商无果，可咨询专业律师，了解具体法律途径及救济措施，如起诉要求原法人履行法人变更义务等。
关注证件有效期：
- 在等待法人变更及证件办理期间，密切关注相关证件的有效期，避免因证件过期而影响店铺正常经营。
总之，转让协议的合法性并不直接受法人是否变更的影响，但法人未变更可能带来一系列后续问题。建议您根据实际情况采取相应措施，确保法人变更及证件办理手续的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步帮助，请随时向我咨询。