在房屋租赁期间，商铺租赁房屋办理营业执照是合法的，但需满足一定的条件和要求。以下是从多个角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国公司法》第七条及相关法律法规，公司依法设立后，由公司登记机关发给公司营业执照，其中载明公司的住所等事项。这表明，租赁的房产同样可以作为公司的住所，用于办理营业执照。不过，不同性质的房产（如住宅、商住两用、商业性质）在办理营业执照时可能有不同的要求和限制。
二、办理条件与要求
租赁协议：必须提供合法有效的租赁合同或租赁协议，以证明对该房产有合法的使用权。这是办理营业执照的基础条件之一。
产权证明：虽然租房者本身不拥有房产，但在办理营业执照时，通常需要提供房东的房产证明复印件，以验证房产的合法性。这是确保经营场所合法性的重要步骤。
房产性质：承租的房产需满足当地关于经营场所的规定。一般来说，商业性质或商住两用的房子更易于办理营业执照；而纯住宅性质的房子则可能受到更多限制，甚至在某些地区不允许作为经营场所。因此，在选择租赁房产时，应充分考虑其性质是否符合办理营业执照的要求。
其他材料：根据具体情况，可能还需提供公司章程、股东身份证明、经营范围说明等其他相关材料。这些材料是办理营业执照过程中必不可少的部分。
三、办理流程
名称核准：首先确定公司名称、类型、注册资本等基本信息，并提交核名申请。这是办理营业执照的第一步，确保公司名称的合法性和独特性。
资料提交：核名通过后，按照要求在线提交地址信息、高管信息、经营范围等预申请材料。待审核通过后，按照预约时间到指定地点递交纸质材料，包括房屋租赁合同、房产证复印件等。
领取执照：携带准予设立登记通知书和办理人身份证等相关证件，到工商局领取营业执照。这是办理营业执照的最后一步，标志着公司正式成立并可以开始经营活动。
四、特殊注意事项
地区差异：不同地区对营业执照办理的具体要求和流程可能存在差异。因此，在办理前务必咨询当地工商局或向我咨询，以获取最准确的信息和指导。
合同条款设置：在签订商铺租赁合同时，应详细且明确地围绕营业执照的办理设置相关条款。这包括租赁用途的明确、出租方的协助义务、房屋合法性与适用性、装修与改造规定、办理时间与开业约定、信息真实准确性、违约责任、争议解决以及合同解除与终止等关键方面。这些条款的设置有助于保障双方的合法权益，减少潜在的法律风险和纠纷。
无产权证情况：如果承租的是没有产权证的房屋（如回迁房），可以向工商部门提供租赁协议、店面所在地村（居）委会出具的产权证明以及其他相关办照材料申请办理工商营业执照。不过，这种情况下的办理流程可能更为复杂，需要特别注意。
总结与建议：
在房屋租赁期间，商铺租赁房屋办理营业执照是合法的，但需满足一定的条件和要求。为了确保办理过程的顺利进行和材料的准确无误，建议在办理前充分了解当地的具体要求和流程，并在签订租赁合同时详细设置相关条款。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律指导和帮助。