商铺出租方确实有义务配合承租方办理营业执照，这一义务主要基于租赁合同中的附随义务以及双方对于合法经营和权益保护的共同需求。以下是对此问题的详细解答：
一、出租方的配合义务
法律基础：
- 在租赁合同中，除了明确约定的主要义务（如支付租金、使用房屋等）外，还存在附随义务，即根据合同性质、目的和交易习惯所应履行的协助、保密等义务。
- 房东配合承租方办理营业执照，属于租赁合同中的附随义务之一，是合理且必要的要求。
具体内容：
- 出租方应在承租方提出合理请求后，提供办理营业执照所需的全部文件资料，如房屋产权证明、租赁合同等。
- 出租方还应积极协助承租方完成相关手续，如在一些文件上签字、提供必要的证明或协助办理相关审批等。
二、不配合的后果
违约责任：
- 如果出租方拒绝配合承租方办理营业执照，这很可能构成违约行为。
- 承租方可以依据租赁合同的条款，追究出租方的违约责任，要求赔偿因不配合而导致的相应损失。
影响经营：
- 营业执照是承租方合法经营的基础，如果因出租方不配合而无法办理，将直接影响承租方的正常经营。
- 在这种情况下，承租方不仅可以通过法律途径要求出租方承担违约责任，还可以要求其赔偿因无法经营而导致的直接和间接损失。
三、应对策略
协商解决：
- 如果出租方拒绝配合，承租方可以先尝试与出租方进行协商，明确告知其配合义务以及不配合可能带来的违约后果。
- 通过友好协商，往往可以达成双方都能接受的解决方案。
法律途径：
- 如果协商无果，承租方可以依据租赁合同的条款，通过仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
- 在法律程序中，承租方需要提供充分的证据来证明出租方的违约行为以及自己因此遭受的损失。
四、合同条款设置建议
为了确保双方权益的最大化保护，建议在商铺租赁合同中详细且明确地设置围绕营业执照办理的相关条款，包括但不限于：
- 明确租赁用途，确保与承租方拟开展的经营活动相匹配。
- 规定出租方的协助义务，包括提供文件资料、协助办理手续等。
- 约定办理时间与开业约定，以及因营业执照未能按时办理导致的解决方案。
- 明确违约责任和争议解决方式，为可能的纠纷提供明确的解决路径。
综上所述，商铺出租方有义务配合承租方办理营业执照，这是租赁合同中的附随义务之一。如果出租方拒绝配合，承租方可以通过协商或法律途径来维护自己的合法权益。