结论：村民乱占耕地的问题，主要由自然资源部门和农业农村部门依据各自职责进行管理，具体由哪个部门负责取决于违法行为的性质和主体。

详细分析：

1. 自然资源部门

   • 主要职责：自然资源部门负责全国及本行政区域内的土地管理和监督工作，具体承担土地资源的规划、保护、开发和合理利用等职责。对于擅自在耕地上建房、挖砂、采石等破坏种植条件的行为，以及违反土地利用总体规划擅自将农用地转为建设用地的行为，自然资源部门有权进行查处。
   • 执法依据：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，自然资源部门对非法占用土地等违法行为有权责令停止违法行为，限期拆除违法建筑，恢复土地原状，并可处以罚款。

2. 农业农村部门

   • 主要职责：农业农村部门负责指导农用地保护以及耕地和永久基本农田的质量保护工作。特别关注农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为。
   • 执法依据：同样依据《中华人民共和国土地管理法》，特别是第七十八条的规定，农业农村部门对农村村民非法占用土地建住宅的行为，有权责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

3. 特殊情况处理

   • 在一些地方，根据相关规定和改革要求，部分涉及土地违法建设的执法权可能划归综合行政执法部门。这些部门会按照职责分工，参与乱占耕地建房等违法建设行为的查处工作。但具体的执法权限和依据会因地区而异，需参照当地政府制定的具体规定。

法律建议：

• 如果您发现村民乱占耕地的行为，首先可以尝试向当地的村委会反映情况，他们可能会协助您解决问题或指导您如何向相关部门举报。
• 在举报时，请尽量提供详细的证据材料，如侵占耕地的具体位置、面积、发生时间，侵占人的基本信息，以及相关照片、视频等证明侵占行为的材料。
• 根据违法行为的性质和主体，选择向自然资源部门或农业农村部门举报。如果无法确定，也可以同时向两个部门反映情况，由他们根据职责划分进行查处。

可能后果：

• 非法占用耕地者将面临相应的法律责任，包括行政处罚、责令恢复原状、赔偿损失等。
• 如果构成犯罪，非法占有耕地者还可能被追究刑事责任。

作为公民，我们每个人都有责任保护耕地资源，积极维护土地的合法使用。如果您遇到村民乱占耕地的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和支持。